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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c3v | ||||||
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タイトル | Structure of iodinated CBM25 from Bacillus halodurans amylase | ||||||
要素 | (ALPHA-AMYLASE G-6) x 2 | ||||||
キーワード | CARBOHYDRATE-BINDING MODULE / STARCH BINDING (デンプン) / CARBOHYDRATE BINDING (炭水化物) / GLYCOSIDE HYDROLASE (グリコシダーゼ) / AMYLOSE (アミロース) / AMYLOPECTIN (アミロペクチン) / MALTO-OLIGOSACCHARIDE / CARBOHYDRATE- BINDING MODULE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BACILLUS HALODURANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å | ||||||
データ登録者 | Boraston, A.B. / Healey, M. / Klassen, J. / Ficko-Blean, E. / Lammerts van Bueren, A. / Law, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: A Structural and Functional Analysis of Alpha-Glucan Recognition by Family 25 and 26 Carbohydrate-Binding Modules Reveals a Conserved Mode of Starch Recognition 著者: Boraston, A.B. / Healey, M. / Klassen, J. / Ficko-Blean, E. / Lammerts Van Bueren, A. / Law, V. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c3v.cif.gz | 90.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c3v.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c3v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c3v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11646.648 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOHYDRATE-BINDING MODULE, RESIDUES 863-958 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BACILLUS HALODURANS (バクテリア) 株: C-125 / プラスミド: PET-BHCBM6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KFR4 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11143.063 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOHYDRATE-BINDING MODULE, RESIDUES 863-958 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BACILLUS HALODURANS (バクテリア) 株: C-125 / プラスミド: PET-BHCBM6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KFR4 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.13 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→20 Å / Num. obs: 28505 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.39→67.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.607 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→67.42 Å
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拘束条件 |
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