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- PDB-2byq: Crystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with ep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byq
タイトルCrystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with epibatidine
要素SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR (受容体) / ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / NICOTINIC ACETYLCHOLINE / CONFORMATIONAL FLEXIBILITY / AGONIST (アゴニスト)
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EPIBATIDINE / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (ジャンボアメフラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hansen, S.B. / Sulzenbacher, G. / Huxford, T. / Marchot, P. / Taylor, P. / Bourne, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structures of Aplysia Achbp Complexes with Nicotinic Agonists and Antagonists Reveal Distinctive Binding Interfaces and Conformations.
著者: Hansen, S.B. / Sulzenbacher, G. / Huxford, T. / Marchot, P. / Taylor, P. / Bourne, Y.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,30710
ポリマ－129,2645
非ポリマー1,0435
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)200.925, 200.925, 200.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23A

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPPHEPHEAA-3 - 145 - 22
211ASPASPPHEPHEBB-3 - 145 - 22
121TYRTYRTRPTRPAA20 - 6728 - 75
221TYRTYRTRPTRPBB20 - 6728 - 75
131ILEILEGLUGLUAA75 - 20683 - 214
231ILEILEGLUGLUBB75 - 20683 - 214
112ASPASPPHEPHECC-3 - 145 - 22
212ASPASPPHEPHEDD-3 - 145 - 22
122TYRTYRTRPTRPCC20 - 6728 - 75
222TYRTYRTRPTRPDD20 - 6728 - 75
132ILEILEGLUGLUCC75 - 20683 - 214
232ILEILEGLUGLUDD75 - 20683 - 214
113ASPASPPHEPHEEE-3 - 145 - 22
213ASPASPPHEPHEAA-3 - 145 - 22
123TYRTYRTRPTRPEE20 - 6728 - 75
223TYRTYRTRPTRPAA20 - 6728 - 75
133ILEILEGLUGLUEE75 - 20683 - 214
233ILEILEGLUGLUAA75 - 20683 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量: 25852.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (ジャンボアメフラシ)
Cell: SENSORY CELL / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物
ChemComp-EPJ / EPIBATIDINE / (2R)-2-(6-CHLOROPYRIDIN-3-YL)-7-AZABICYCLO[2.2.1]HEPTANE / エピバチジン / Epibatidine


分子量: 208.687 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13ClN2 / コメント: alkaloid*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 18-22% PEG-3350, 0.1 M TRIS, PH 7.5, 0.2 M SODIUM CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 18257 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BYN

2byn


解像度: 3.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 62.72 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.631 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 929 5.1 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.184 17132 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8515 0 70 0 8585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.9612020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.47251063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15924.524420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.471151425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.451550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.24103
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.25955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2711.55468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.48228743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.77233841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2924.53277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A789tight positional0.060.05
2C783tight positional0.070.05
3E789tight positional0.050.05
1A766medium positional0.430.5
2C771medium positional0.490.5
3E770medium positional0.450.5
1A789tight thermal0.060.5
2C783tight thermal0.060.5
3E789tight thermal0.060.5
1A766medium thermal0.362
2C771medium thermal0.422
3E770medium thermal0.42
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 68
Rwork0.249 1259
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68080.86760.12431.64630.04543.0022-0.00580.1524-0.2979-0.24310.04090.18580.2386-0.3439-0.0351-0.18440.0886-0.0027-0.10330.1038-0.112951.459445.1179-0.7151
22.2253-0.1681-0.10243.4803-0.14261.6267-0.07750.0723-0.3029-0.10720.16240.37550.3534-0.1982-0.0849-0.20250.06890.0677-0.07650.1285-0.184448.503232.533922.3068
31.8235-0.3741-0.61462.9193-0.13971.3579-0.15220.0624-0.31710.1160.0567-0.03930.27970.05790.0954-0.23030.07080.0186-0.10790.0276-0.204172.369425.292931.4352
41.8323-0.5472-0.44692.3373-0.33362.9754-0.02610.1568-0.1838-0.0402-0.03820.04280.16920.07270.0643-0.33920.01790.035-0.14940.0591-0.225189.729832.489113.3476
53.22390.2880.48892.11491.07153.36820.04820.2785-0.2535-0.31910.06280.1160.0841-0.1011-0.111-0.18730.01340.0162-0.20660.0859-0.26777.225844.9348-6.2954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2B-5 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3C-6 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4D-5 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5E-4 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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