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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2byb | ||||||
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タイトル | Human Monoamine Oxidase B in complex with Deprenyl | ||||||
要素 | AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FAD-CONTAINING AMINE OXIDASE / MAOB ACETYLATION / FAD / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / MAOB (モノアミン酸化酵素B) / TRANSMEMBRANE NEUROTRANSMITTER / MEMBRANE-PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / aliphatic amine oxidase activity / monoamine oxidase activity / モノアミン酸化酵素 / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / primary amine oxidase activity / negative regulation of serotonin secretion / response to aluminum ion / response to selenium ion ...Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / aliphatic amine oxidase activity / monoamine oxidase activity / モノアミン酸化酵素 / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / primary amine oxidase activity / negative regulation of serotonin secretion / response to aluminum ion / response to selenium ion / : / dopamine catabolic process / 一級アミンオキシダーゼ / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / response to corticosterone / substantia nigra development / response to toxic substance / flavin adenine dinucleotide binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / 樹状突起 / ミトコンドリア / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Binda, C. / De Colibus, L. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005 タイトル: Three-Dimensional Structure of Human Monoamine Oxidase a (Mao A): Relation to the Structures of Rat Mao a and Human Mao B 著者: De Colibus, L. / Li, M. / Binda, C. / Lustig, A. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2byb.cif.gz | 233.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2byb.ent.gz | 177.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2byb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/2byb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/2byb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58837.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P27338, モノアミン酸化酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | pH: 6.2 / 詳細: pH 6.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 60540 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1S2Q 解像度: 2.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 14.752 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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拘束条件 |
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