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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bi7 | |||||||||
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タイトル | udp-galactopyranose mutase from Klebsiella pneumoniae oxidised FAD | |||||||||
要素 | UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASEUDP-ガラクトピラノースムターゼ | |||||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / FAD / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / LIPOPOLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Beis, K. / Srikannathasan, V. / Naismith, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal Structures of Mycobacteria Tuberculosis and Klebsiella Pneumoniae Udp-Galactopyranose Mutase in the Oxidised State and Klebsiella Pneumoniae Udp-Galactopyranose Mutase in the (Active) Reduced State. 著者: Beis, K. / Srikannathasan, V. / Liu, H. / Fullerton, S.W.B. / Bamford, V.A. / Sanders, D.A.R. / Whitfield, C. / Mcneil, M.R. / Naismith, J.H. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Udp-Galactopyranose Mutase Has a Novel Structure and Mechanism 著者: Sanders, D.A. / Staines, A.G. / Mcmahon, S.A. / Mcneil, M.R. / Whitfield, C. / Naismith, J.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bi7.cif.gz | 95.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bi7.ent.gz | 71.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bi7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/2bi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/2bi7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44512.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q48485, UDP-ガラクトピラノースムターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | FUNCTION: INVOLVED IN THE CONVERSION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.1M BIS-TRIS PH6.5, 50MM CACL2, 30% PEG550, pH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→74.54 Å / Num. obs: 2160 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 88.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1I8T 解像度: 2→74.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→74.54 Å
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拘束条件 |
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