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- PDB-2bfg: crystal structure of beta-xylosidase (fam GH39) in complex with d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bfg
タイトルcrystal structure of beta-xylosidase (fam GH39) in complex with dinitrophenyl-beta-xyloside and covalently bound xyloside
要素BETA-XYLOSIDASEXylan 1,4-b-xylosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / FAMILY GH39 / THERMOPHILIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / Glycosyl hydrolases family 39 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel ...Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / Glycosyl hydrolases family 39 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5-DINITROPHENOL / beta-D-xylopyranose / alpha-D-xylopyranose / Beta-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Czjzek, M. / Bravman, T. / Henrissat, B. / Shoham, Y.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Enzyme-Substrate Complex Structures of a Gh39 Beta-Xylosidase from Geobacillus Stearothermophilus.
著者: Czjzek, M. / David, A.B. / Bravman, T. / Shoham, G. / Henrissat, B. / Shoham, Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Family 39 Beta-D-Xylosidase from Geobacillus Stearothermophilus T-6
著者: Czjzek, M. / Bravman, T. / Henrissat, B. / Shoham, Y.
履歴
登録2004年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年11月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB, BC, CB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB, BC, CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 8-STRANDED BARRELS REPRESENTED BY 9-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DB, EC, FB, GB, HB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 7-STRANDED BARRELS THIS IS REPRESENTED BY 8-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BETA-XYLOSIDASE
B: BETA-XYLOSIDASE
C: BETA-XYLOSIDASE
D: BETA-XYLOSIDASE
E: BETA-XYLOSIDASE
F: BETA-XYLOSIDASE
G: BETA-XYLOSIDASE
H: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)466,82836
ポリマ－464,0068
非ポリマー2,82228
水24,8611380
1
A: BETA-XYLOSIDASE
B: BETA-XYLOSIDASE
C: BETA-XYLOSIDASE
D: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,74820
ポリマ－232,0034
非ポリマー1,74516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21070 Å2
ΔGint-169.5 kcal/mol
Surface area65720 Å2
手法PISA
2
E: BETA-XYLOSIDASE
F: BETA-XYLOSIDASE
G: BETA-XYLOSIDASE
H: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,08016
ポリマ－232,0034
非ポリマー1,07712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19780 Å2
ΔGint-150.2 kcal/mol
Surface area66010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.950, 162.160, 308.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYARGARG5AA2 - 652 - 65
21GLYGLYARGARG5BB2 - 652 - 65
31GLYGLYARGARG5CC2 - 652 - 65
41GLYGLYARGARG5DD2 - 652 - 65
51GLYGLYARGARG5EE2 - 652 - 65
61GLYGLYARGARG5FF2 - 652 - 65
71GLYGLYARGARG5GG2 - 652 - 65
81GLYGLYARGARG5HH2 - 652 - 65
12GLUGLUPROPRO6AA66 - 7566 - 75
22GLUGLUPROPRO6BB66 - 7566 - 75
32GLUGLUPROPRO6CC66 - 7566 - 75
42GLUGLUPROPRO6DD66 - 7566 - 75
52GLUGLUPROPRO6EE66 - 7566 - 75
62GLUGLUPROPRO6FF66 - 7566 - 75
72GLUGLUPROPRO6GG66 - 7566 - 75
82GLUGLUPROPRO6HH66 - 7566 - 75
13PHEPHELEULEU5AA76 - 40076 - 400
23PHEPHELEULEU5BB76 - 40076 - 400
33PHEPHELEULEU5CC76 - 40076 - 400
43PHEPHELEULEU5DD76 - 40076 - 400
53PHEPHELEULEU5EE76 - 40076 - 400
63PHEPHELEULEU5FF76 - 40076 - 400
73PHEPHELEULEU5GG76 - 40076 - 400
83PHEPHELEULEU5HH76 - 40076 - 400
14VALVALPHEPHE6AA401 - 410401 - 410
24VALVALPHEPHE6BB401 - 410401 - 410
34VALVALPHEPHE6CC401 - 410401 - 410
44VALVALPHEPHE6DD401 - 410401 - 410
54VALVALPHEPHE6EE401 - 410401 - 410
64VALVALPHEPHE6FF401 - 410401 - 410
74VALVALPHEPHE6GG401 - 410401 - 410
84VALVALPHEPHE6HH401 - 410401 - 410
15ILEILEGLUGLU5AA411 - 455411 - 455
25ILEILEGLUGLU5BB411 - 455411 - 455
35ILEILEGLUGLU5CC411 - 455411 - 455
45ILEILEGLUGLU5DD411 - 455411 - 455
55ILEILEGLUGLU5EE411 - 455411 - 455
65ILEILEGLUGLU5FF411 - 455411 - 455
75ILEILEGLUGLU5GG411 - 455411 - 455
85ILEILEGLUGLU5HH411 - 455411 - 455
16GLNGLNHISHIS6AA456 - 465456 - 465
26GLNGLNHISHIS6BB456 - 465456 - 465
36GLNGLNHISHIS6CC456 - 465456 - 465
46GLNGLNHISHIS6DD456 - 465456 - 465
56GLNGLNHISHIS6EE456 - 465456 - 465
66GLNGLNHISHIS6FF456 - 465456 - 465
76GLNGLNHISHIS6GG456 - 465456 - 465
86GLNGLNHISHIS6HH456 - 465456 - 465
17LEULEUSERSER5AA466 - 502466 - 502
27LEULEUSERSER5BB466 - 502466 - 502
37LEULEUSERSER5CC466 - 502466 - 502
47LEULEUSERSER5DD466 - 502466 - 502
57LEULEUSERSER5EE466 - 502466 - 502
67LEULEUSERSER5FF466 - 502466 - 502
77LEULEUSERSER5GG466 - 502466 - 502
87LEULEUSERSER5HH466 - 502466 - 502

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99968, -0.00126, 0.02513), (0.00154, -0.99994, 0.01118), (0.02511, 0.01121, 0.99962)42.93671, 133.20541, -1.18912
2given(0.97575, 0.21847, -0.01354), (0.21844, -0.97584, -0.00404), (-0.0141, 0.00099, -0.9999)-13.36314, 127.79912, 133.86832
3given(-0.97608, -0.21729, -0.00716), (-0.21722, 0.97607, -0.01021), (0.00921, -0.00841, -0.99992)59.13493, 7.10354, 133.90971
4given(-0.98729, 0.0868, 0.13317), (-0.08454, -0.99616, 0.02255), (0.13461, 0.01101, 0.99084)27.46934, 148.10074, 74.57674
5given(0.9905, -0.08696, 0.10648), (0.08628, 0.99621, 0.01098), (-0.10703, -0.00169, 0.99425)-3.21161, 11.55622, 80.72701
6given(-0.94605, -0.30517, -0.10893), (-0.30567, 0.95206, -0.01254), (0.10753, 0.02144, -0.99397)68.9648, 24.82551, 206.85515
7given(0.94412, 0.30119, -0.13385), (0.30146, -0.95329, -0.01879), (-0.13326, -0.02261, -0.99082)-12.39018, 139.35812, 215.03404

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
BETA-XYLOSIDASE / Xylan 1,4-b-xylosidase / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLOHYDROLASE / XYLAN 1 / 4-BETA-XYLOSIDASE


分子量: 58000.793 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT GLYCOSYL-ENZYME INTERMEDIATE LINKS BETWEEN A 278 AND A 512 B 278 AND B 505 C 278 AND C 506 D 278 AND D 513 E 278 AND E 508 F 278 AND F 509 G 278 AND G 510 H 278 AND H 511
由来: (組換発現) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
株: T-6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ZFM2, xylan 1,4-beta-xylosidase

-
糖 , 2種, 10分子

#4: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1398分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ANX / 2,5-DINITROPHENOL / ジニトロフェノール


分子量: 184.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O5
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES CHAINS A-H, GLU 160 ALA
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE UNIPROT DATABASE CONTAINS TWO STRETCHES OF ERRORS THAT HAVE BEEN REVEALED BY ...THE SEQUENCE OF THE UNIPROT DATABASE CONTAINS TWO STRETCHES OF ERRORS THAT HAVE BEEN REVEALED BY THE CRYSTAL STRUCTURE AND CONFIRMED BY THE AUTHORS OF THE UNIPROT ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PEG 8000 20 % (W/V), 50 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 186001 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UHV

1uhv


解像度: 2.4→40.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 6.049 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.523 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 8689 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.198 165095 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.32 Å20 Å20 Å2
2---2.37 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32693 0 164 1380 34237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.02233822
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0230077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.93845846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.892369843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.46754000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.24894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0237452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.027376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.210037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.243358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.220843
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.22174
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2970.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5481.519968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.045232415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.702313854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8484.513431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2771medium positional0.20.5
2B2771medium positional0.170.5
3C2771medium positional0.180.5
4D2771medium positional0.180.5
5E2771medium positional0.20.5
6F2771medium positional0.190.5
7G2771medium positional0.160.5
8H2771medium positional0.230.5
1A5055loose positional0.515
2B5055loose positional0.55
3C5055loose positional0.55
4D5055loose positional0.535
5E5055loose positional0.515
6F5055loose positional0.525
7G5055loose positional0.435
8H5055loose positional0.555
1A2771medium thermal0.492
2B2771medium thermal0.472
3C2771medium thermal0.52
4D2771medium thermal0.522
5E2771medium thermal0.552
6F2771medium thermal0.622
7G2771medium thermal0.562
8H2771medium thermal0.562
1A5055loose thermal1.5210
2B5055loose thermal1.610
3C5055loose thermal1.3810
4D5055loose thermal1.510
5E5055loose thermal1.7910
6F5055loose thermal1.710
7G5055loose thermal1.610
8H5055loose thermal1.610
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.397 610
Rwork0.328 12066
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15590.11540.0070.4688-0.2190.3122-0.00110.0114-0.0215-0.0290.01280.0564-0.0518-0.0225-0.01170.0040.0194-0.00180.1103-0.00140.0795.73382.90251.385
20.21140.12830.0860.57670.15680.23230.0040.0521-0.0046-0.1034-0.0018-0.08410.03220.0673-0.00210.00460.0231-0.0090.14870.00330.085338.41450.98151.241
30.2212-0.15390.07230.4118-0.11760.2575-0.0106-0.0443-0.0380.10490.03520.08860.0192-0.0364-0.02470.0338-0.00450.02340.12050.01770.09479.71547.87182.421
40.1201-0.1096-0.00860.48140.1420.2012-0.0294-0.0001-0.00840.17550.0044-0.0795-0.0410.04050.0250.0888-0.0221-0.04750.12150.00750.081235.0186.29781.902
50.11460.1035-0.01480.29390.14990.2746-0.0040.0060.0071-0.0750.0178-0.002-0.02130.0298-0.01380.06640.00430.01620.1044-0.0060.063835.82766.202127.171
60.21270.16520.00110.4098-0.01890.1702-0.0570.03240.0285-0.17030.030.0709-0.0858-0.03970.0270.13510.0103-0.05090.1234-0.00830.09960.7795.206131.061
70.0901-0.1258-0.08580.28140.19110.2325-0.0153-0.0128-0.0131-0.06080.0306-0.0176-0.04860.0368-0.01530.0595-0.01830.01380.0958-0.01220.063432.607101.384158.143
80.2514-0.110.1540.2424-0.04910.1804-0.0146-0.0229-0.00080.03660.0030.04520.0149-0.04040.01160.0435-0.00360.02450.1053-0.00160.076511.18761.084161.45
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 502
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 502
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 502
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 502
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 502
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 502
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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