+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2axu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of PrgX | ||||||
要素 | PrgX | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Repressor (リプレッサー) / pheromone (フェロモン) / DNA binding (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / ISO to Y153C / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, K. / Brown, C.K. / Gu, Z.Y. / Kozlowicz, B.K. / Dunny, G.M. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005 タイトル: Structure of peptide sex pheromone receptor PrgX and PrgX/pheromone complexes and regulation of conjugation in Enterococcus faecalis. 著者: Shi, K. / Brown, C.K. / Gu, Z.Y. / Kozlowicz, B.K. / Dunny, G.M. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2axu.cif.gz | 706 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2axu.ent.gz | 612 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2axu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/2axu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/2axu | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37372.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04114 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 4000, citrate-phophate , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2004年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→15 Å / Num. all: 104010 / Num. obs: 104010 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ISO to Y153C / 解像度: 2.9→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
|