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万見
- PDB-2grm: Crystal structure of PrgX/iCF10 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2grm
タイトルCrystal structure of PrgX/iCF10 complex
要素
  • PrgX
  • peptide
キーワードTRANSCRIPTION / receptor / inhibitor
機能・相同性Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #400 / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shi, K. / Kozlowicz, B.K. / Gu, Z.Y. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A. / Dunny, G.M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2006
タイトル: Molecular basis for control of conjugation by bacterial pheromone and inhibitor peptides.
著者: Kozlowicz, B.K. / Shi, K. / Gu, Z.Y. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A. / Dunny, G.M.
履歴
登録2006年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgX
B: PrgX
C: PrgX
D: peptide
E: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8135
ポリマ－112,8135
非ポリマー00
水86548
1
A: PrgX
D: peptide

A: PrgX
D: peptide

A: PrgX
D: peptide

A: PrgX
D: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4708
ポリマ－151,4708
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_456-x-1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
2
B: PrgX
C: PrgX
E: peptide

B: PrgX
C: PrgX
E: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,8906
ポリマ－149,8906
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_455-x-1/2,-y+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.459, 134.748, 192.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-318-

HOH

21A-322-

HOH

31A-323-

HOH

41A-331-

HOH

51A-332-

HOH

61B-322-

HOH

71B-325-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, -y, z+1/2.

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要素

#1: タンパク質 PrgX


分子量: 37077.516 Da / 分子数: 3 / 変異: Y231C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 150553
#2: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 790.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 / 詳細: LiCl, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. all: 24750 / Num. obs: 24503 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
d*TREKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→39.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2749067.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1184 4.8 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.248 24750 --
obs0.238 24503 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.5006 Å2 / ksol: 0.315236 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 100.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.45 Å20 Å20 Å2
2---11.52 Å20 Å2
3---15.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.74 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7732 0 0 50 7782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 188 4.7 %
Rwork0.377 3773 -
obs--97.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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