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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a4t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R7) | ||||||
要素 | Lysozymeリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / NITROXIDE SPIN LABEL / EPR / MODIFIED CYSTEINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Hideg, K. / Hubbell, W.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R7 著者: Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Hideg, K. / Hubbell, W.L. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of spin labeled T4 lysozyme mutants: implications for the interpretation of EPR spectra in terms of structure. 著者: Langen, R. / Oh, K.J. / Cascio, D. / Hubbell, W.L. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN THE POSITIONS OF THE ATOMS OF THE NITROXIDE RING OF R7A ARE NOT UNIQUE, AS THOSE ...HETEROGEN THE POSITIONS OF THE ATOMS OF THE NITROXIDE RING OF R7A ARE NOT UNIQUE, AS THOSE PARTICULAR ATOMS WERE NOT RESOLVED IN EITHER CONFORMATION (A OR B). COORDINATES FOR ATOMS OF THE NITROXIDE RING WERE DEPOSITED IN A MINIMUM ENERGY CONFIGURATION. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a4t.cif.gz | 55.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a4t.ent.gz | 37.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a4t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/2a4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/2a4t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1c6tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18632.375 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T,C97A,V131C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム |
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-非ポリマー , 5種, 254分子
#2: 化合物 | ChemComp-R7A / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-AZI / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HED / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: potassium phosphate, sodium phospahte, sodium choloride, sodium azide, oxidized beta-mercaptoehtanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→80 Å / Num. all: 22428 / Num. obs: 22403 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rsym value: 0.059 / Χ2: 1.106 / Net I/σ(I): 32.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. measured obs: 2221 / Num. unique all: 2221 / Rsym value: 0.303 / Χ2: 0.805 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1C6T 解像度: 1.7→51.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 1.696 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.987 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→51.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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