PDB-2a0k: Crystal structure of Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase from Tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a0k

タイトル

Crystal structure of Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase from Trypanosoma brucei at 1.8 A resolution

要素

Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / SGPP /

Structural GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bosch, J. / Robien, M.A. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Using fragment cocktail crystallography to assist inhibitor design of Trypanosoma brucei nucleoside 2-deoxyribosyltransferase.
著者: Bosch, J. / Robien, M.A. / Mehlin, C. / Boni, E. / Riechers, A. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / Worthey, E.A. / DeTitta, G. / Luft, J.R. / Lauricella, A. / Gulde, S. / ...

履歴

登録	2005年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a0k.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a0k.ent.gz	68.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f2tC 2f62C 2f64C 2f67C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f64-d 2f2t-d 2f67-d 2f62-d 5ahs-1 5tzh-2 6h05-d 5u00-2 6tun-1 3itu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Tbru015777AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase

B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase

ヘテロ分子

37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.004, 75.156, 87.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-466- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: HIS / End label comp-ID: SER / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 160 / Label seq-ID: 3 - 160

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase 分子量: 18664.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb05.30H13.400 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: Q57VC7, nucleoside deoxyribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30 % PEG MME 2000, 0.2 ammonium sulfate, 0.1 sodium acetate trihydrate pH 4.6 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.8 Å / Num. obs: 32301 / % possible obs: 94.42 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.91 Å² / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.897 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3676 / R_sym value: 0.458 / % possible all: 74.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 4.65 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20581	1704	5 %	RANDOM
R_work	0.17301	-	-	-
all	0.17466	-	-	-
obs	0.17466	32301	94.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2518	0	22	416	2956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.953	1.955	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.306	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.914	23.939	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.956	15	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.22	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.098	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.105	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.567	4	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.897	6	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.629	6	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.782	10	974
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
632	tight positional	0.01	0.05
631	medium positional	0.22	0.5
632	tight thermal	0.06	0.5
631	medium thermal	0.4	2

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.897 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	193	-
R_work	0.236	3676	-
obs	-	-	74.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8911	-2.1281	-1.8946	1.3306	0.8762	0.718	0.2423	0.1404	0.078	-0.141	-0.1833	-0.0803	0.0218	-0.0254	-0.0591	0.0238	0.0367	0.0018	0.0093	0.0236	-0.0012	16.759	16.02	11.569
2	1.8027	-1.0686	-1.1963	0.7324	0.1086	4.4402	0.028	-0.0009	-0.3709	0.0563	0.003	0.0535	0.6266	0.0226	-0.031	0.0968	-0.0003	-0.0522	-0.0834	0.0041	0.0493	5.835	12.881	13.681
3	0.2398	-0.1045	-0.2819	0.4795	0.1001	1.3757	0.0383	0.0014	-0.0541	0.022	0.0276	0.0025	0.0953	0.0794	-0.066	-0.0046	0.0043	0.0042	-0.0142	0.0109	-0.0002	7.256	25.968	18.475
4	2.0455	-1.6381	-1.6828	4.0622	1.1638	2.3352	0.0733	0.1244	-0.1044	-0.0729	-0.0384	0.3225	-0.2238	-0.3524	-0.0349	-0.0386	0.0507	0.0078	0.0148	0.0375	0.0061	-9.553	41.381	14.112
5	0.5266	-0.0225	0.3071	0.2476	-0.1591	0.8224	0.0417	0.0637	-0.0287	-0.0999	-0.0156	0.0403	0.0245	0.0224	-0.026	0.0052	0.0128	0.0127	0.0007	0.0095	-0.013	6.87	30.446	6.365
6	3.9495	1.1572	1.2586	1.0189	0.5164	0.5329	0.1753	-0.1162	-0.0376	0.1041	-0.1342	-0.0633	-0.0511	-0.0329	-0.0411	0.0173	-0.0335	0.027	0.0004	0.0186	0.0027	16.792	48.36	32.111
7	2.1783	1.603	1.1791	1.2873	0.2399	4.2993	0.0296	-0.0143	0.4208	-0.1053	0.0172	0.0853	-0.6221	-0.0079	-0.0467	0.0732	0.0136	0.0613	-0.0845	-0.0027	0.0415	5.861	51.487	29.991
8	0.282	0.0538	0.2327	0.3236	0.1027	1.1745	0.0127	-0.0075	0.0143	0.014	0.0346	-0.0038	-0.1429	0.045	-0.0473	-0.0027	-0.0095	0.0231	-0.0149	0.0063	0.0027	7.256	38.416	25.205
9	2.1368	2.1707	2.1428	5.347	1.7775	3.0083	0.081	-0.0754	0.0738	0.1313	-0.0069	0.2878	0.2319	-0.3211	-0.0741	-0.0481	-0.0471	0.0213	0.0093	0.0322	-0.0065	-9.575	22.954	29.601
10	0.4779	0.0747	-0.3544	0.2943	-0.2531	0.9886	0.0838	-0.0648	0.0238	0.143	-0.0631	0.0317	0.0127	0.0168	-0.0207	-0.0108	-0.0116	0.0093	0.0045	0.0097	-0.0099	6.892	33.93	37.312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 20	3 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	21 - 52	21 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	53 - 107	53 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	108 - 126	108 - 126
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	127 - 160	127 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	3 - 20	3 - 20
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	21 - 52	21 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	53 - 107	53 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	108 - 126	108 - 126
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	127 - 160	127 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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