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- PDB-1zzp: Solution structure of the F-actin binding domain of Bcr-Abl/c-Abl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zzp
タイトルSolution structure of the F-actin binding domain of Bcr-Abl/c-Abl
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / four helix bundle / nuclear export signal (核外搬出シグナル)
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Myogenesis / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Cyclin D associated events in G1 / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs ...Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Myogenesis / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Cyclin D associated events in G1 / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / mitochondrial depolarization / transitional one stage B cell differentiation / positive regulation of actin filament binding / activation of protein kinase C activity / DNA conformation change / negative regulation of phospholipase C activity / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of interleukin-2 secretion / positive regulation blood vessel branching / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of microtubule binding / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / neuroepithelial cell differentiation / microspike assembly / cerebellum morphogenesis / regulation of modification of synaptic structure / collateral sprouting / actin filament branching / B-1 B cell homeostasis / cardiovascular system development / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of oxidoreductase activity / activated T cell proliferation / bubble DNA binding / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / regulation of T cell differentiation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / regulation of microtubule polymerization / regulation of actin cytoskeleton reorganization / negative regulation of BMP signaling pathway / mitogen-activated protein kinase binding / proline-rich region binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / negative regulation of cell-cell adhesion / syntaxin binding / cellular response to dopamine / regulation of response to DNA damage stimulus / positive regulation of interferon-gamma secretion / negative regulation of cellular senescence / DNA damage induced protein phosphorylation / positive regulation of osteoblast proliferation / cell leading edge / regulation of axon extension / actin monomer binding / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of long-term synaptic potentiation / Bergmann glial cell differentiation / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of focal adhesion assembly / DNAミスマッチ修復 / positive regulation of muscle cell differentiation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of endocytosis / positive regulation of actin cytoskeleton reorganization / negative regulation of mitotic cell cycle / regulation of cell adhesion / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / four-way junction DNA binding / regulation of cell motility / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of stress fiber assembly / endothelial cell migration / regulation of autophagy / signal transduction in response to DNA damage / substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of endothelial cell migration / cellular protein modification process / spleen development / SH2 domain binding / post-embryonic development / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling / positive regulation of mitotic cell cycle / protein kinase C binding / thymus development / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neural tube closure / phosphotyrosine residue binding / ephrin receptor binding / integrin-mediated signaling pathway / オートファジー / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / actin cytoskeleton organization / non-specific protein-tyrosine kinase
SH2 domain superfamily / SH2ドメイン / Protein kinase domain profile. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Protein kinases ATP-binding region signature. / SH2ドメイン / Protein tyrosine kinase / SH3 domain ...SH2 domain superfamily / SH2ドメイン / Protein kinase domain profile. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Protein kinases ATP-binding region signature. / SH2ドメイン / Protein tyrosine kinase / SH3 domain / Protein kinase domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase-like domain superfamily / F-actin binding / Protein kinase, ATP binding site / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3-like domain superfamily / F-actin binding
Tyrosine-protein kinase ABL1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Hantschel, O. / Wiesner, S. / Guttler, T. / Mackereth, C.D. / Rix, L.L.R. / Mikes, Z. / Dehne, J. / Gorlich, D. / Sattler, M. / Superti-Furga, G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / : 2005
タイトル: Structural Basis for the Cytoskeletal Association of Bcr-Abl/c-Abl.
著者: Hantschel, O. / Wiesner, S. / Guttler, T. / Mackereth, C.D. / Rix, L.L.R. / Mikes, Z. / Dehne, J. / Gorlich, D. / Sattler, M. / Superti-Furga, G.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2005年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE Two additional C-terminal residues (LE) result from primer design.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1501
ポリマ-14,1501
非ポリマー00
0
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1 / p150 / c-ABL


分子量: 14150.119 Da / 分子数: 1 / 断片: F-actin binding domain (residues 1007-1130) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / プラスミド: modified pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00519, EC: 2.7.1.112

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
条件-ID実験-ID溶媒-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY
131HNHA

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試料調製

詳細
溶媒-ID内容溶媒系
11mM U-15N,13C Bcr-Abl/c-Abl FABD, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 0.02% NaN3, 5mM DTT, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM U-15N,13C Bcr-Abl/c-Abl FABD, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 0.02% NaN3, 5mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料状態

イオン強度: 20mM sodium phosphate, 150mM NaCl, 0.02% (w/v) NaN3 / pH: 6.3 / : ambient / 温度: 295 K

条件-ID
1
2

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター

製造業者: Bruker / モデル: DMX / タイプ: Bruker DMX

磁場強度 (MHz)スペクトロメーター-ID
5001
6002
9003

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解析

NMRソフトウェア
名称バージョン開発者分類
XWINNMRBrukercollection
NMRPipeDelaglio, F.解析
XEASYBartels, M.データ解析
NMRView5.0.4Johnson, B.データ解析
Aria1.2Nilges, M.精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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