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- PDB-1zzp: Solution structure of the F-actin binding domain of Bcr-Abl/c-Abl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zzp
タイトルSolution structure of the F-actin binding domain of Bcr-Abl/c-Abl
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / four helix bundle / nuclear export signal (核外搬出シグナル)
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial depolarization / positive regulation of interleukin-2 production => GO:0032743 / transitional one stage B cell differentiation / positive regulation of actin filament binding / DNA conformation change / negative regulation of phospholipase C activity / regulation of extracellular matrix organization / activation of protein kinase C activity / positive regulation blood vessel branching / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity ...mitochondrial depolarization / positive regulation of interleukin-2 production => GO:0032743 / transitional one stage B cell differentiation / positive regulation of actin filament binding / DNA conformation change / negative regulation of phospholipase C activity / regulation of extracellular matrix organization / activation of protein kinase C activity / positive regulation blood vessel branching / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / alpha-beta T cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / regulation of modification of synaptic structure / positive regulation of microtubule binding / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / microspike assembly / neuroepithelial cell differentiation / cerebellum morphogenesis / collateral sprouting / B-1 B cell homeostasis / actin filament branching / positive regulation of oxidoreductase activity / activated T cell proliferation / circulatory system development => GO:0072359 / neuropilin binding / neuropilin signaling pathway / bubble DNA binding / regulation of Cdc42 protein signal transduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of T cell differentiation / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of BMP signaling pathway / regulation of microtubule polymerization / regulation of actin cytoskeleton reorganization / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of interferon-gamma production => GO:0032729 / proline-rich region binding / syntaxin binding / DNA damage induced protein phosphorylation / cellular response to dopamine / positive regulation of osteoblast proliferation / negative regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of cellular senescence / regulation of response to DNA damage stimulus / regulation of axon extension / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cell leading edge / negative regulation of long-term synaptic potentiation / actin monomer binding / neuromuscular process controlling balance / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of actin cytoskeleton reorganization / regulation of endocytosis / DNAミスマッチ修復 / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of cell adhesion / regulation of cell motility / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / endothelial cell migration / positive regulation of muscle cell differentiation / four-way junction DNA binding / positive regulation of stress fiber assembly / signal transduction in response to DNA damage / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of autophagy / cellular protein modification process / spleen development / negative regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling / post-embryonic development / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / SH2 domain binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / thymus development / phosphotyrosine residue binding / protein kinase C binding / neural tube closure / ephrin receptor binding / integrin-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / actin cytoskeleton organization / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / establishment of protein localization / SH3 domain binding / オートファジー / postsynapse / cell cycle arrest / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of neuron death / B cell receptor signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis
Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase, active site / F-actin binding / Protein kinase, ATP binding site / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / SH2ドメイン / SH3-like domain superfamily ...Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase, active site / F-actin binding / Protein kinase, ATP binding site / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / SH2ドメイン / SH3-like domain superfamily / SH2 domain superfamily / F-actin binding / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
Tyrosine-protein kinase ABL1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Hantschel, O. / Wiesner, S. / Guttler, T. / Mackereth, C.D. / Rix, L.L.R. / Mikes, Z. / Dehne, J. / Gorlich, D. / Sattler, M. / Superti-Furga, G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for the Cytoskeletal Association of Bcr-Abl/c-Abl.
著者: Hantschel, O. / Wiesner, S. / Guttler, T. / Mackereth, C.D. / Rix, L.L.R. / Mikes, Z. / Dehne, J. / Gorlich, D. / Sattler, M. / Superti-Furga, G.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2005年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE Two additional C-terminal residues (LE) result from primer design.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1501
ポリマ－14,1501
非ポリマー00
水0
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1 / p150 / c-ABL


分子量: 14150.119 Da / 分子数: 1 / 断片: F-actin binding domain (residues 1007-1130) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / プラスミド: modified pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00519, EC: 2.7.1.112

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
条件-ID実験-ID溶媒-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY
131HNHA

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試料調製

詳細
溶媒-ID内容溶媒系
11mM U-15N,13C Bcr-Abl/c-Abl FABD, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 0.02% NaN3, 5mM DTT, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM U-15N,13C Bcr-Abl/c-Abl FABD, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 0.02% NaN3, 5mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料状態
条件-IDイオン強度pH圧 (Pa)温度 (K)
120mM sodium phosphate, 150mM NaCl, 0.02% (w/v) NaN3 6.3 ambient 295 K
220mM sodium phosphate, 150mM NaCl, 0.02% (w/v) NaN3 6.3 ambient 295 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)スペクトロメーター-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DMXBrukerDMX9003

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解析

NMRソフトウェア
名称バージョン開発者分類
XWINNMRBrukercollection
NMRPipeDelaglio, F.解析
XEASYBartels, M.データ解析
NMRView5.0.4Johnson, B.データ解析
Aria1.2Nilges, M.精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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