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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zzh | ||||||
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タイトル | Structure of the fully oxidized di-heme cytochrome c peroxidase from R. capsulatus | ||||||
要素 | cytochrome c peroxidaseシトクロムcペルオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cytochrome c peroxidase (シトクロムcペルオキシダーゼ) / heme groups | ||||||
機能・相同性 | Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / HEME C 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | De Smet, L. / Savvides, S.N. / Van Horen, E. / Pettigrew, G. / Van Beeumen, J.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural and mutagenesis studies on the cytochrome c peroxidase from Rhodobacter capsulatus provide new insights into structure-function relationships of bacterial di-heme peroxidases 著者: De Smet, L. / Savvides, S.N. / Van Horen, E. / Pettigrew, G. / Van Beeumen, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zzh.cif.gz | 243 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zzh.ent.gz | 196 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zzh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/1zzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/1zzh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biologically relevant form of cytochrome c peroxidase from R. capsulatus is a dimer. The asymmetric unit of the crystals contains 2 such dimers. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34999.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: シトクロムcペルオキシダーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-HEC / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.03 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 39539 / Num. obs: 37558 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 65.7 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2261128.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.3642 Å2 / ksol: 0.323521 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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