PDB-2pla: Crystal structure of human glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pla

タイトル

Crystal structure of human glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like protein

要素

Glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol-3-phosphate catabolic process / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / Synthesis of PA / positive regulation of sodium ion transport / ventricular cardiac muscle cell action potential / NAD+ metabolic process / positive regulation of protein localization to cell surface / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Uppenberg, J. / Smee, C. / Hozjan, V. / Kavanagh, K. / Bunkoczi, G. / Papagrigoriou, E. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Umeano, C. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like protein.
著者: Uppenberg, J. / Smee, C. / Hozjan, V. / Kavanagh, K. / Bunkoczi, G. / Papagrigoriou, E. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, ...

履歴

登録	2007年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pla.cif.gz	144.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pla.ent.gz	113.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pla_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pla_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2pla_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	2pla_validation.cif.gz	38.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2pla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2pla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x0vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mar-d 1x0x-2 5clt-3 1a69-d 2bjg-d 3fg4-3 1x0v-d 2isw-d 1jdt-d 1bf2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like protein

B: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like protein

ヘテロ分子

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.100, 139.100, 109.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1-like protein 分子量: 38225.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain / 遺伝子: GPD1L / プラスミド: pNIC28-bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N335
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.27 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 50% PEG 300, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Sodium potassium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.79887 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月11日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.79887 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→50 Å / Num. all: 42245 / Num. obs: 42245 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 67.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.51→2.66 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / Num. unique all: 6634 / % possible all: 98.5

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.51 Å	29.36 Å
Translation	2.51 Å	29.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1X0V

1x0v

解像度: 2.51→29.361 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 13.431 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	2127	5 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
all	0.177	42226	-	-
obs	0.177	42226	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.714 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.05 Å²	0.53 Å²	0 Å²
2-	-	1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→29.361 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5155	0	104	150	5409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5335
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.993	7233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.915	3	8659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.338	5	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.782	24.976	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.527	15	923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.987	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5869
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.112	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.412	1.5	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.072	1.5	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.708	2	5452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.183	3	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.924	4.5	1781

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.57 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	151	-
R_work	0.3	2865	-
obs	-	3016	96.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.073	1.0608	-1.0815	3.8586	-0.4273	3.7821	0.1737	0.0044	0.7808	0.2423	0.0438	0.6759	-1.1306	-0.6592	-0.2175	0.585	0.2986	0.1729	0.3708	-0.0283	0.2156	46.874	-29.221	17.598
2	2.3795	0.0111	0.0912	1.9948	-0.0678	2.9208	0.0729	-0.3779	0.0939	0.4823	-0.0878	0.1874	-0.4195	-0.245	0.0149	0.3469	0.0388	0.1086	0.3739	-0.0319	0.0203	55.471	-44.779	25.473
3	3.6914	0.937	-1.1075	3.0997	-0.4983	4.464	0.1143	-0.1916	-0.0052	0.4741	-0.2041	-0.175	-0.5654	0.408	0.0898	0.2867	-0.0073	-0.0204	0.3963	0.0067	0.0358	66.236	-44.121	18.442
4	4.0604	1.2664	0.1935	1.8491	0.569	8.4917	-0.0156	0.1349	-0.075	0.5005	-0.0392	-0.327	-0.1204	0.6629	0.0548	0.3097	-0.0386	-0.0944	0.4048	0.055	0.0626	76.322	-48.491	28.006
5	4.3008	-0.3995	0.2493	3.2831	-1.7336	7.5564	-0.5659	0.3973	-1.4647	-0.2803	-0.2453	-0.6436	0.9939	0.4312	0.8112	0.4649	0.2423	0.5467	0.6091	-0.2265	1.0021	82.369	-76.696	-0.419
6	4.4258	1.1181	-1.6192	6.57	-2.5505	3.6657	-0.6377	0.1622	-2.183	-0.7877	-0.0762	-0.7931	1.6818	0.0104	0.7139	0.7797	0.1123	0.4557	0.3807	-0.2333	1.1549	69.199	-86.368	6.132
7	3.4382	0.6666	-0.8037	2.544	0.0051	3.0292	-0.1419	0.1754	-0.7114	-0.1162	0.0279	-0.3243	0.3339	0.1809	0.114	0.2228	0.0688	0.0992	0.3564	-0.0817	0.2317	63.762	-67.142	9.775
8	3.9506	1.5254	-0.4528	4.6591	-1.7742	4.6049	-0.159	0.3297	-0.2683	-0.252	0.2915	0.3307	0.3968	-0.2716	-0.1325	0.1824	-0.0521	0.0402	0.394	-0.113	0.0823	46.892	-68.562	4.56

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	4 - 98	4 - 98
2	2	A	A	99 - 243	99 - 243
3	3	A	A	244 - 299	244 - 299
4	4	A	A	300 - 346	300 - 346
5	5	B	B	4 - 74	4 - 74
6	6	B	B	75 - 148	75 - 148
7	7	B	B	149 - 298	149 - 298
8	8	B	B	299 - 346	299 - 346

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