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- PDB-1zuy: High-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zuy
タイトルHigh-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain
要素Myosin-5 isoform
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / SH3 domain (SH3ドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


bipolar cellular bud site selection / myosin I complex / actin cortical patch localization / cellular bud / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell tip / fungal-type cell wall organization / actin cortical patch / mating projection tip / vesicle transport along actin filament ...bipolar cellular bud site selection / myosin I complex / actin cortical patch localization / cellular bud / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell tip / fungal-type cell wall organization / actin cortical patch / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / response to osmotic stress / microfilament motor activity / エキソサイトーシス / response to salt stress / receptor-mediated endocytosis / actin filament organization / cell periphery / エンドサイトーシス / actin filament binding / マイクロフィラメント / vesicle / hydrolase activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fungal myosin-I, SH3 domain / Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / SH3 Domains ...Fungal myosin-I, SH3 domain / Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / SH3 Domains / Kinesin motor domain superfamily / SH3ドメイン / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / Myosin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Wilmanns, M. / Kursula, P. / Gonfloni, S. / Ferracuti, S. / Cesareni, G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: High-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain
著者: Wilmanns, M. / Kursula, P. / Gonfloni, S. / Ferracuti, S. / Cesareni, G.
履歴
登録2005年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-5 isoform
B: Myosin-5 isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8133
ポリマ－12,7522
非ポリマー601
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.060, 42.250, 90.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myosin-5 isoform


分子量: 6376.206 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04439
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ammonium sulfate, isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.813 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.813 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→20 Å / Num. all: 21535 / Num. obs: 21535 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1598 / Rsym value: 0.393 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.39→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.99 / SU ML: 0.052 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC REFINEMENT / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20581 1077 5 %RANDOM
Rwork0.16631 ---
all0.16829 21535 --
obs0.16829 21535 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数937 0 0 129 1066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7521.9881329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82932028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0935124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59624.28635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93215157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.445152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.21020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3491.5764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5971.5246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9133987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9734.5447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8946342
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.06932263
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.7563125
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.21531797
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.426 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 72 -
Rwork0.29 1373 -
obs--90.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91030.77310.31542.1051-0.16632.5936-0.02790.1206-0.5046-0.0994-0.0198-0.10810.3905-0.01630.0476-0.0642-0.00210.0168-0.1344-0.0283-0.089510.18-0.54435.997
23.705-0.2139-1.04392.23190.04083.03190.05130.27010.2971-0.2109-0.03260.024-0.2853-0.0565-0.0188-0.0915-0.0041-0.0003-0.12230.0203-0.128615.84917.65132.66
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 591 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 591 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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