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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zs6 | ||||||
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タイトル | structure of human nucleoside-diphosphate kinase 3 | ||||||
要素 | Nucleoside diphosphate kinase 3Nucleoside-diphosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / nucleotide metabolism (ヌクレオチド) / apoptosis (アポトーシス) / kinase (キナーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleobase-containing small molecule interconversion / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / apoptotic process / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Choe, J. / Dimov, S. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of human nucleoside-diphosphate kinase 3 著者: Dimov, S. / Choe, J. / ARROWSMITH, C. / EDWARDS, A. / SUNDSTROM, M. / BOCHKAREV, A. / PARK, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zs6.cif.gz | 102.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zs6.ent.gz | 80.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zs6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zs6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1be4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The molecule is a hexamer. The biological assembly is generated by the two fold axis: y,x,-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19041.047 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NME3 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13232, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Sodium Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月16日 |
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL MAXFLUX OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 21910 / Num. obs: 21910 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 29.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1BE4 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 7.384 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.305 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
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