+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zkd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-Ray structure of the putative protein Q6N1P6 from Rhodopseudomonas palustris at the resolution 2.1 A , Northeast Structural Genomics Consortium target RpR58 | ||||||
要素 | DUF185 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / NESG / RpR58 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Yong, W. / Vorobiev, S.M. / Acton, T. / Ma, L. / Xiao, R. / Montelione, G. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-Ray structure of the putative protein Q6N1P6 from Rhodopseudomonas palustris at the resolution 2.1 A , Northeast Structural Genomics Consortium target RpR58 著者: Kuzin, A.P. / Yong, W. / Vorobiev, S.M. / Acton, T. / Ma, L. / Xiao, R. / Montelione, G. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zkd.cif.gz | 148.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1zkd.ent.gz | 122.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zkd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zkd | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42821.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: CGA009 / 遺伝子: RPA4359 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q6N1P6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 4m Ammonium Acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, microbatch, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97913, 0.97942, 0.96774 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月22日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 99268 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→22.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 230090.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.3738 Å2 / ksol: 0.34957 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2
| ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.19 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
|