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万見
- PDB-1zhb: Crystal Structure Of The Murine Class I Major Histocompatibility ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zhb
タイトルCrystal Structure Of The Murine Class I Major Histocompatibility Complex Of H-2Db, B2-Microglobulin, and a 9-Residue Peptide Derived from rat dopamine beta-monooxigenase
要素
  • 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC / TCR-crossreactivity / self-ligand / autoimmunity (自己免疫)
機能・相同性
機能・相同性情報


octopamine metabolic process / ドーパミン-β-モノオキシゲナーゼ / leukocyte mediated immunity / dopamine beta-monooxygenase activity / octopamine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / 恒温動物 / : / chromaffin granule lumen / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...octopamine metabolic process / ドーパミン-β-モノオキシゲナーゼ / leukocyte mediated immunity / dopamine beta-monooxygenase activity / octopamine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / 恒温動物 / : / chromaffin granule lumen / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / norepinephrine biosynthetic process / varicosity / chromaffin granule membrane / response to ozone / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / response to isolation stress / behavioral response to ethanol / catecholamine metabolic process / maternal behavior / dopamine catabolic process / fear response / TAP1 binding / TAP2 binding / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / L-ascorbic acid binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / response to iron ion / cis-Golgi network membrane / response to copper ion / positive regulation of natural killer cell activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transport vesicle membrane / response to pain / positive regulation of interleukin-13 production / leukocyte migration / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of membrane depolarization / social behavior / positive regulation of natural killer cell proliferation / 学習 / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of immunoglobulin production / response to immobilization stress / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / positive regulation of interleukin-4 production / blood vessel remodeling / MHC class I protein binding / cellular response to manganese ion / cellular defense response / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / positive regulation of vasoconstriction / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / response to amphetamine / detection of bacterium / Neutrophil degranulation / T cell receptor binding / 14-3-3 protein binding / secretory granule membrane / locomotory behavior / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / visual learning / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / 骨 / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / terminal bouton / HFE-transferrin receptor complex
類似検索 - 分子機能
DOMON domain / Dopamine beta-hydroxylase-like / Tyramine beta-hydroxylase/Dopamine beta-hydroxylase / DOMON domain profile. / DOMON domain / Possible catecholamine-binding domain present in a variety of eukaryotic proteins. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-1 conserved site / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain superfamily ...DOMON domain / Dopamine beta-hydroxylase-like / Tyramine beta-hydroxylase/Dopamine beta-hydroxylase / DOMON domain profile. / DOMON domain / Possible catecholamine-binding domain present in a variety of eukaryotic proteins. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-1 conserved site / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain superfamily / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal domain / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 1. / PHM/PNGase F domain superfamily / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase-like, C-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β2-ミクログロブリン / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / ドーパミン-β-モノオキシゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sandalova, T. / Michaelsson, J. / Harris, R.A. / Odeberg, J. / Schneider, G. / Karre, K. / Achour, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: A structural basis for CD8+ T cell-dependent recognition of non-homologous peptide ligands: implications for molecular mimicry in autoreactivity
著者: Sandalova, T. / Michaelsson, J. / Harris, R.A. / Odeberg, J. / Schneider, G. / Karre, K. / Achour, A.
#1: ジャーナル: Immunity / 年: 2002
タイトル: A structural basis for LCMV immune evasion: subversion of H-2D(b) and H-2K(b) presentation of gp33 revealed by comparative crystal structure.Analyses
著者: Achour, A. / Michaelsson, J. / Harris, R.A. / Odeberg, J. / Grufman, P. / Sandberg, J.K. / Levitsky, V. / Karre, K. / Sandalova, T. / Schneider, G.
履歴
登録2005年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_related / pdbx_entity_src_syn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.details ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,38112
ポリマ－179,38112
非ポリマー00
水1,964109
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8453
ポリマ－44,8453
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8453
ポリマ－44,8453
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
3
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8453
ポリマ－44,8453
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
4
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: 9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8453
ポリマ－44,8453
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.063, 122.715, 99.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J
12B
22E
32H
42K
13C
23F
33I
43L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTRPTRP5AA2 - 2742 - 274
21PROPROTRPTRP5DD2 - 2742 - 274
31PROPROTRPTRP5GG2 - 2742 - 274
41PROPROTRPTRP5JJ2 - 2742 - 274
12ILEILEMETMET4BB1 - 991 - 99
22ILEILEMETMET4EE1 - 991 - 99
32ILEILEMETMET4HH1 - 991 - 99
42ILEILEMETMET4KK1 - 991 - 99
13LYSLYSILEILE4CC1 - 91 - 9
23LYSLYSILEILE4FF1 - 91 - 9
33LYSLYSILEILE4II1 - 91 - 9
43LYSLYSILEILE4LL1 - 91 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H- 2DB


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRAcellular part / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド
9-mer peptide from Dopamine beta-monooxygenase / Dopamine beta- hydroxylase / DBH


分子量: 1053.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
参照: UniProt: Q05754, ドーパミン-β-モノオキシゲナーゼ
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: ammonium sulphate, Tris HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0292 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0292 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 203819 / Num. obs: 58548 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 66.2 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2200 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N5A

1n5a


解像度: 2.7→24.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 23.57 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.378 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26176 2231 4 %RANDOM
Rwork0.22533 ---
all0.22607 53240 --
obs0.226 53240 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12552 0 0 109 12661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02112940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0211140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.93617572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.795325992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37151512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40223.571672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.902152136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9461596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.210703
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.25833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.27622
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1350.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1721.59765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1081.53068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.121212284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57936494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3014.55288
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1597medium positional0.340.5
12D1597medium positional0.220.5
13G1597medium positional0.340.5
14J1597medium positional0.220.5
21B1526medium positional0.30.5
22E1526medium positional0.340.5
23H1526medium positional0.450.5
24K1526medium positional0.340.5
31C145medium positional0.640.5
32F145medium positional0.530.5
33I145medium positional0.610.5
34L145medium positional0.710.5
11A2610loose positional0.965
12D2610loose positional0.635
13G2610loose positional0.645
14J2610loose positional0.685
11A1597medium thermal0.512
12D1597medium thermal0.412
13G1597medium thermal0.442
14J1597medium thermal0.442
21B1526medium thermal0.442
22E1526medium thermal0.382
23H1526medium thermal0.482
24K1526medium thermal0.42
31C145medium thermal0.332
32F145medium thermal0.272
33I145medium thermal0.432
34L145medium thermal0.442
11A2610loose thermal1.2710
12D2610loose thermal1.1710
13G2610loose thermal1.2410
14J2610loose thermal1.1810
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 130 -
Rwork0.332 3126 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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