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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zgr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Parkia platycephala seed lectin | ||||||
要素 | Mannose/glucose-specific lectin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism / lectin (レクチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / mannose binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Parkia platycephala (マメ科) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Gallego del Sol, F. / Cavada, B.S. / Calvete, J.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: The first crystal structure of a mimosoideae lectin reveals a novel quaternary arrangement of a widespread domain. 著者: Gallego Del Sol, F. / Nagano, C. / Cavada, B.S. / Calvete, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zgr.cif.gz | 177.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zgr.ent.gz | 142 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zgr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/1zgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/1zgr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47566.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parkia platycephala (マメ科) / 組織: seeds種子 / 参照: UniProt: P83304 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, isopropanol, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→104 Å / Num. obs: 31543 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.002→2.11 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2060 / Rsym value: 0.101 / % possible all: 65.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.775 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.576 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 20
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