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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yly
タイトルX-ray crystallographic structure of CTX-M-9 beta-lactamase complexed with ceftazidime-like boronic acid
要素beta-lactamase CTX-M-9
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CTX-M / beta-lactamase (Β-ラクタマーゼ) / transition state (遷移状態) / ceftazidime (セフタジジム) / boronic acid (ボロン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CB4 / リン酸塩 / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Chen, Y. / Shoichet, B. / Bonnet, R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Structure, Function, and Inhibition along the Reaction Coordinate of CTX-M beta-Lactamases.
著者: Chen, Y. / Shoichet, B. / Bonnet, R.
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase CTX-M-9
B: beta-lactamase CTX-M-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7956
ポリマ－55,9452
非ポリマー8504
水15,637868
1
A: beta-lactamase CTX-M-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3032
ポリマ－27,9721
非ポリマー3301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-lactamase CTX-M-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4934
ポリマ－27,9721
非ポリマー5203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.182, 106.845, 47.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 beta-lactamase CTX-M-9


分子量: 27972.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M / プラスミド: pET-9a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / キーワード: V231A, CTX-M-9 beta-lactamase / 参照: UniProt: Q9L5C7, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CB4 / PINACOL[[2-AMINO-ALPHA-(1-CARBOXY-1-METHYLETHOXYIMINO)-4-THIAZOLEACETYL]AMINO]METHANEBORONATE / 2-メチル-2-[[[1-(2-アミノ-4-チアゾリル)-2-[[(ジヒドロキシボリル)メチル]アミノ]-2-オキソエ(以下略)


分子量: 330.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15BN4O6S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.8 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.8
詳細: potassium phosphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→22 Å / Num. obs: 113478 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.22 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO
開始モデル: 1YLJ

1ylj


解像度: 1.25→22 Å / Num. parameters: 46266 / Num. restraintsaints: 58260 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT. RIDING HYDROGENS INCLUDED IN REFINEMENT. WATER MOLECULES IN CLOSE CONTACT HAVE A COMBINED OCCUPANCY OF 1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 5637 5.2 %RANDOM
Rwork0.129 ---
all0.129 107782 --
obs0.129 107782 88.1 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 78 / Occupancy sum hydrogen: 3767.97 / Occupancy sum non hydrogen: 4751.18
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4213 0 54 868 5135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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