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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yjh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cimex Nitrophorin Ferrous NO Complex | ||||||
要素 | salivary nitrophorin | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / ferrous heme / nitric oxide (一酸化窒素) / beta sandwich / five-coordinate iron / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vasodilation in another organism / phosphatidylinositol dephosphorylation / nitric oxide transport / phosphatase activity / iron ion binding / heme binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cimex lectularius (トコジラミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Weichsel, A. / Badgandi, H. / Montfort, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Cimex Nitrophorin NO Complex 著者: Weichsel, A. / Badgandi, H. / Montfort, W.R. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005 タイトル: Heme-assisted S-nitrosation of a proximal thiolate in a nitric oxide transport protein 著者: Weichsel, A. / Maes, E.M. / Andersen, J.F. / Valenzuela, J.G. / Shokhireva, T.K. / Walker, F.A. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yjh.cif.gz | 76 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yjh.ent.gz | 54.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yjh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/1yjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/1yjh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ntfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31746.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cimex lectularius (トコジラミ) / 器官: salivary glands / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: GenBank: 3388165, UniProt: O76745*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-NO / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 4000, Li2SO4, ethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月6日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→37.5 Å / Num. all: 30416 / Num. obs: 30416 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2616 / % possible all: 83.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1NTF 解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.545 / SU ML: 0.087 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.84 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.126 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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