PDB-1xwt: Structure Of A Cold-Adapted Family 8 Xylanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xwt

タイトル

Structure Of A Cold-Adapted Family 8 Xylanase

要素

endo-1,4-beta-xylanase

キシラナーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / XYLAN DEGRADATION /

PSYCHROPHILIC (好冷生物) / COLD ADAPTATION / TEMPERATURE /

GLYCOSYL HYDROLASE (グリコシダーゼ) / FAMILY 8

機能・相同性

機能・相同性情報

セルラーゼ /

cellulase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

De Vos, D. / Collins, T. / Hoyoux, A. / Savvides, S.N. / Gerday, C. / Van Beeumen, J.J. / Feller, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Study of the active site residues of a glycoside hydrolase family 8 xylanase
著者: Collins, T. / De Vos, D. / Hoyoux, A. / Savvides, S.N. / Gerday, C. / Van Beeumen, J. / Feller, G.

履歴

登録	2004年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xwt.cif.gz	190.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xwt.ent.gz	157.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/1xwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/1xwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xw2C 1xwqC 2a8zC 1h12 1h13 1h14 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h12-d 1h14-d 3n5o-d 2dsa-2 6wqy-d 1h13-d 2b4f-d 2gdr-1 6jax-d 4edz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: endo-1,4-beta-xylanase

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.605, 91.620, 98.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	endo-1,4-beta-xylanase / キシラナーゼ分子量: 46023.785 Da / 分子数: 1 / 変異: D281N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア) プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8RJN8, キシラナーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

endo-1,4-beta-xylanase /

キシラナーゼ

分子量: 46023.785 Da / 分子数: 1 / 変異: D281N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8RJN8,

キシラナーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, sodium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月15日
放射	モノクロメーター: Triangular mono chromator(Bent mirror) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 114864 / Num. obs: 104895 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.3→1.34 Å / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.525 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.14302	5309	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1225	-	-	-
all	0.12354	99620	-	-
obs	0.12354	99620	91.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3313	0	0	616	3929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.364	1.905	4636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	6646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.003	5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	3862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.023	0.02	734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.375	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.043	1.5	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.602	2	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.126	3	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.067	4.5	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.09	2	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	3.434	2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.299	2	3313

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.219	349
R_work	0.18	6744

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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