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- PDB-1xgy: Crystal Structure of Anti-Meta I Rhodopsin Fab Fragment K42-41L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xgy
タイトルCrystal Structure of Anti-Meta I Rhodopsin Fab Fragment K42-41L
要素
  • K42-41L Fab Heavy Chain
  • K42-41L Fab Light Chain
  • Rhodopsin Epitope Mimetic Peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Meta-I / Rhodopsin (ロドプシン) / Fab / Igg / K42-41L / Phage display / antibody (抗体) / immunoglobulin (抗体) / antibody imprinting / peptide mimetics
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Piscitelli, C.L. / Angel, T.E. / Bailey, B.W. / Lawerence, C.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Equilibrium between metarhodopsin-I and metarhodopsin-II is dependent on the conformation of the third cytoplasmic loop.
著者: Piscitelli, C.L. / Angel, T.E. / Bailey, B.W. / Hargrave, P. / Dratz, E.A. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2004年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999 SEQUENCE Suitable sequence database reference not available

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: K42-41L Fab Light Chain
H: K42-41L Fab Heavy Chain
M: K42-41L Fab Light Chain
I: K42-41L Fab Heavy Chain
P: Rhodopsin Epitope Mimetic Peptide
Q: Rhodopsin Epitope Mimetic Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8866
ポリマ－96,8866
非ポリマー00
水1,35175
1
L: K42-41L Fab Light Chain
H: K42-41L Fab Heavy Chain
P: Rhodopsin Epitope Mimetic Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4433
ポリマ－48,4433
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: K42-41L Fab Light Chain
I: K42-41L Fab Heavy Chain
Q: Rhodopsin Epitope Mimetic Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4433
ポリマ－48,4433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.721, 196.646, 44.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-216-

HOH

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要素

#1: 抗体 K42-41L Fab Light Chain


分子量: 23807.518 Da / 分子数: 2 / 断片: Anitgen Binding Fragment, Fab / 由来タイプ: 天然
詳細: SP2/0 mouse myeloma cells fused with immunized mouse splenocytes
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 K42-41L Fab Heavy Chain


分子量: 23644.568 Da / 分子数: 2 / 断片: Antigen Binding Fragment, Fab / 由来タイプ: 天然
詳細: SP2/0 mouse myeloma cells fused with immunized mouse splenocytes
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6PF95
#3: タンパク質・ペプチド Rhodopsin Epitope Mimetic Peptide


分子量: 991.100 Da / 分子数: 2 / 断片: Phage Display Consensus Peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized.
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: peg mme 5000, MES, Ammonium Sulfate, Peptide TGALQERSK, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月28日 / 詳細: OSMIC BLUE
放射モノクロメーター: NI MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→98.32 Å / Num. all: 21152 / Num. obs: 21152 / % possible obs: 78.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.71→2.83 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1122 / % possible all: 43.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1N6Q, 1FAI

1n6q

1fai


解像度: 2.71→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1635857.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1070 5.1 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.276 21049 --
obs0.233 21049 78.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15.9482 Å2 / ksol: 0.323055 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å20 Å2
2---7.49 Å20 Å2
3---5.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6703 0 0 75 6778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.851.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.562.5
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 73 5.3 %
Rwork0.402 1778 -
obs-1432 43.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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