+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xei | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURES OF LYSOZYME AT VERY LOW LEVELS OF HYDRATION | ||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / O-GLYCOSYL / ENZYME MONOCLINIC 38% R.H. FORM I | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Nagendra, H.G. / Sukumar, N. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1998 タイトル: Role of water in plasticity, stability, and action of proteins: the crystal structures of lysozyme at very low levels of hydration. 著者: Nagendra, H.G. / Sukumar, N. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Characterization of Lysozyme Crystals with Unusually Low Solvent Content 著者: Nagendra, H.G. / Sudarsanakumar, C. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Protein Hydration and Water Structure: X-Ray Analysis of a Closely Packed Protein Crystal with Very Low Solvent Content 著者: Madhusudan / Kodandapani, R. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 1993 タイトル: Comparison of Radiation Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures 著者: Young, A.C.M. / Dewan, J.C. / Nave, C. / Tilton, R.F. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Crystal Structure of Low Humidity Tetragonal Lysozyme at 2.1-A Resolution. Variability in Hydration Shell and its Structural Consequences 著者: Kodandapani, R. / Suresh, C.G. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xei.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1xei.ent.gz | 26.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/1xei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/1xei | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.4 % |
---|---|
結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 |
結晶 | *PLUS |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年10月2日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→10 Å / Num. obs: 4569 / % possible obs: 85.99 % / 冗長度: 1.62 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 52.71 |
反射 シェル | 解像度: 2.061→2.144 Å / 冗長度: 1.31 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 11.76 / % possible all: 41.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 7408 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 88% LOW HUMIDITY STRUCTURE 解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 4 / 詳細: X-PLOR WAS ALSO USED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |