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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x94 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Hypothetical protein | ||||||
要素 | putative Phosphoheptose isomeraseD-sedoheptulose 7-phosphate isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Hypothetical protein / Vibrio cholerae (コレラ菌) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Seetharaman, J. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2006 タイトル: Crystal structures of two putative phosphoheptose isomerases. 著者: Seetharaman, J. / Rajashankar, K.R. / Solorzano, V. / Kniewel, R. / Lima, C.D. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x94.cif.gz | 77.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x94.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/1x94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/1x94 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20673.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: lpcA, gmhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KPY2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Ammonium Acetate, Bis Tris, NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97862,0.97904,0.94 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月4日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 18477 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / % possible all: 87.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 206203.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: the electron density was absent or weak for the missing residues.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9903 Å2 / ksol: 0.385244 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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