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- PDB-1wzz: Structure of endo-beta-1,4-glucanase CMCax from Acetobacter xylinum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wzz
タイトルStructure of endo-beta-1,4-glucanase CMCax from Acetobacter xylinum
要素Probable endoglucanase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Glycoside Hydrolase family 8 (GH-8) / (ALPHA/ALPHA)6 BARREL / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM for Research on Gene Expression System / SGCGES
機能・相同性
機能・相同性情報


セルラーゼ / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconacetobacter xylinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Kawano, S. / Tajima, K. / Yao, M. / Satoh, Y. / Munekata, M. / Tanaka, I. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Structural characterization of the Acetobacter xylinum endo-beta-1,4-glucanase CMCax required for cellulose biosynthesis.
著者: Yasutake, Y. / Kawano, S. / Tajima, K. / Yao, M. / Satoh, Y. / Munekata, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2005年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5772
ポリマ－37,4811
非ポリマー961
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.878, 88.878, 93.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Probable endoglucanase / endo-beta-1 / 4-glucanase / Endo-1 / 4-beta- glucanase / Cellulase


分子量: 37480.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconacetobacter xylinus (バクテリア)
遺伝子: cmcAX / プラスミド: pQE3013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P37696, セルラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: PEG 4000, PEG 8000, ammonium sulfate, cellobiose, sodium citrate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 50493 / Num. obs: 50493 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 5022 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXDE位相決定
CNS精密化
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 2507 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all-50418 --
obs-50418 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.482 Å2-0.978 Å20 Å2
2---1.482 Å20 Å2
3---2.963 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2491 0 5 312 2808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01183
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.659
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.038
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 248 4.9 %
Rwork0.229 4785 -
obs-5033 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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