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万見
- PDB-1wms: High resolution crystal structure of human Rab9 GTPase: a novel a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wms
タイトルHigh resolution crystal structure of human Rab9 GTPase: a novel antiviral drug target
要素Ras-related protein Rab-9A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTPase (GTPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation by host of symbiont catalytic activity / Rab protein signal transduction / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / RHOBTB3 ATPase cycle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of exocytosis / phagocytic vesicle / 小胞 ...negative regulation by host of symbiont catalytic activity / Rab protein signal transduction / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / RHOBTB3 ATPase cycle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of exocytosis / phagocytic vesicle / 小胞 / trans-Golgi network membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / regulation of protein localization / メラノソーム / protein transport / late endosome / リソソーム / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Rab9 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Rab9 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-9A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Chen, L. / DiGiammarino, E. / Zhou, X.E. / Wang, Y. / Toh, D. / Hodge, T.W. / Meehan, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: High resolution crystal structure of human Rab9 GTPase: A novel antiviral drug target
著者: Chen, L. / DiGiammarino, E. / Zhou, X.E. / Wang, Y. / Toh, D. / Hodge, T.W. / Meehan, E.J.
履歴
登録2004年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-9A
B: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1934
ポリマ－40,3072
非ポリマー8862
水9,152508
1
A: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5972
ポリマ－20,1531
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5972
ポリマ－20,1531
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.400, 45.620, 51.220
Angle α, β, γ (deg.)99.75, 107.17, 101.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-9A / Rab-9 / Rab9


分子量: 20153.473 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal truncated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Rab9 / プラスミド: pET28-Rab9(1-177) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51151
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG4000, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 73993 / Num. obs: 73993 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.392 / % possible all: 39.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
SHELXL精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OIV

1oiv


解像度: 1.25→10 Å / Num. parameters: 29064 / Num. restraintsaints: 34491 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The structure was refined also with CNS 1.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 3697 5 %Random
Rwork0.139 ---
all0.141 73767 --
obs0.139 73767 84.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2552 / Occupancy sum non hydrogen: 3229
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2662 0 56 508 3226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.064
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.086

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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