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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wfq | ||||||
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タイトル | Solution structure of the first cold-shock domain of the human KIAA0885 protein (UNR protein) | ||||||
要素 | UNR protein | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Beta-barrel (Βバレル) / translational regulation / RNA chaperone / RNA/DNA binding / QB fold / Greek-key topology / unr protein / structural genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CRD-mediated mRNA stability complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / RISC complex binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / IRES-dependent viral translational initiation / positive regulation of cytoplasmic translation / RNA stem-loop binding / regulation of translational initiation ...CRD-mediated mRNA stability complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / RISC complex binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / IRES-dependent viral translational initiation / positive regulation of cytoplasmic translation / RNA stem-loop binding / regulation of translational initiation / stress granule assembly / P-body / cytoplasmic stress granule / male gonad development / ゴルジ体 / RNA binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Goroncy, A.K. / Kigawa, T. / Koshiba, S. / Tomizawa, T. / Kobayashi, N. / Tochio, N. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010 タイトル: The NMR solution structures of the five constituent cold-shock domains (CSD) of the human UNR (upstream of N-ras) protein. 著者: Goroncy, A.K. / Koshiba, S. / Tochio, N. / Tomizawa, T. / Inoue, M. / Watanabe, S. / Harada, T. / Tanaka, A. / Ohara, O. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wfq.cif.gz | 508.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wfq.ent.gz | 428 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wfq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/1wfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/1wfq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9469.500 Da / 分子数: 1 / 断片: First cold-shock domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: KAZUSA cDNA hk07709 / プラスミド: P040114-45 / 参照: UniProt: O75534 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.09mM cold-shock domain U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer Na; 100mM NaCl; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest target function | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |