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- PDB-1w91: crystal structure of 1,4-BETA-D-XYLAN XYLOHYDROLASE solve using a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w91
タイトルcrystal structure of 1,4-BETA-D-XYLAN XYLOHYDROLASE solve using anomalous signal from Seleniomethionine
要素BETA-XYLOSIDASEXylan 1,4-b-xylosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / XYLOSIDASE / MAD / SEMET (セレノメチオニン) / TETRAMER (四量体)
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / Glycosyl hydrolases family 39 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel ...Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / Glycosyl hydrolases family 39 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jakoncic, J. / Shoham, G. / Stojanoff, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 1,4-Beta-D-Xylan Xylohydrolase from Geobacillus Stearothermophilus.
著者: Jakoncic, J. / Shoham, G. / Stojanoff, V.
履歴
登録2004年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA, CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 8-STRANDED BARRELS REPRESENTED BY 9-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA, EA, FA, GA, HB " IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 7-STRANDED BARRELS REPRESENTED BY 8-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-XYLOSIDASE
B: BETA-XYLOSIDASE
C: BETA-XYLOSIDASE
D: BETA-XYLOSIDASE
E: BETA-XYLOSIDASE
F: BETA-XYLOSIDASE
G: BETA-XYLOSIDASE
H: BETA-XYLOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,2088
ポリマ－465,2088
非ポリマー00
水52,0452889
1
A: BETA-XYLOSIDASE
B: BETA-XYLOSIDASE
C: BETA-XYLOSIDASE
D: BETA-XYLOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,6044
ポリマ－232,6044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: BETA-XYLOSIDASE
F: BETA-XYLOSIDASE
G: BETA-XYLOSIDASE
H: BETA-XYLOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,6044
ポリマ－232,6044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.698, 166.024, 313.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A
13D
23A
14E
24A
15F
25A
16G
26A
17H
27A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 502 / Label seq-ID: 4 - 502

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11BB
21AA
12CC
22AA
13DD
23AA
14EE
24AA
15FF
25AA
16GG
26AA
17HH
27AA

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

#1: タンパク質
BETA-XYLOSIDASE / Xylan 1,4-b-xylosidase / BETA-D-XYLOSIASE / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLOHYDROLASE / XYLAN 1 / 4-BETA-XYLOSIDASE


分子量: 58150.988 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (Bacillus stearothermophilus)
参照: UniProt: Q9ZFM2, EC: 3.1.2.37
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN CORRESPONDS TO THE UNIPROT ENTRY Q9ZFM2. THE SAMPLE USED IN THE EXPERIMENT HAD AN ...THE PROTEIN CORRESPONDS TO THE UNIPROT ENTRY Q9ZFM2. THE SAMPLE USED IN THE EXPERIMENT HAD AN INSERTION AT POSITION 445 IN THE PDB ENTRY AND THE RESIDUES 249-250 FROM THE UNIPROT ENTRY WERE DELETED. THE DBREF RECORD DESCRIBES THE DELETION AND INSERTION MUTATION. THE SEQADV RECORDS DESCRIBE THE CONFLICTS BETWEEN THE UNIPROT ENTRY Q9ZFM2 AND THE OBSERVED CRYSTAL STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.93
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→2.2 Å / Num. obs: 240591 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.2→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 5.186 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 11807 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.177 223893 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32656 0 0 2889 35545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02233576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.9445568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05953976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52523.4121688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.469155560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.64115232
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.24840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0225968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.216189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.222430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.22880
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2810.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3310.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2991.520499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.944232288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.24315236
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9164.513280
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 4082 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Bmedium positional0.240.5
2Cmedium positional0.310.5
3Dmedium positional0.270.5
4Emedium positional0.270.5
5Fmedium positional0.250.5
6Gmedium positional0.280.5
7Hmedium positional0.290.5
1Bmedium thermal0.882
2Cmedium thermal0.992
3Dmedium thermal0.932
4Emedium thermal0.992
5Fmedium thermal1.252
6Gmedium thermal1.152
7Hmedium thermal1.212
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 780 -
Rwork0.177 15076 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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