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万見
- PDB-1vm8: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase (A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vm8
タイトルCrystal structure of UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase (Agx2) from Mus musculus at 2.50 A resolution
要素UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Agx2 / 16741099 / UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / carbohydrate binding / 核質 / identical protein binding ...Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / carbohydrate binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #100 / UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / リボン / Alpha-Beta Complex ...Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #100 / UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase (Agx2) from Mus musculus at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE CLONING ARTIFACT: EXPERIMENTAL PHASING RESULTS REVEALED THAT RESIDUE 31 IS ... SEQUENCE CLONING ARTIFACT: EXPERIMENTAL PHASING RESULTS REVEALED THAT RESIDUE 31 IS SELENOMETHIONINE IN THE EXPRESSED CONSTRUCT AND NOT A VALINE AS PREDICTED BY THE SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
B: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,0599
ポリマ－121,7572
非ポリマー3017
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area41440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.094, 73.402, 107.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASN / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 516 / Label seq-ID: 14 - 528

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase


分子量: 60878.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q91YN5, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
解説: 1JV1 MODEL WAS USED TO GENERATE SE SITES FOR THREE WAVELENGTH MAD PHASING, WHICH WAS USED TO GENERATE RESTRAINTS FOR REFINEMENT.
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.5
詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 0.2M NaCl , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.9792
シンクロトロンALS 8.2.120.9792,1.0000,0.9791
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
211
30.97911
反射解像度: 2.5→29.11 Å / Num. obs: 42134 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 54.17 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5964 / Rsym value: 0.402 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 25.032 / SU ML: 0.256 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.297
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOMS WITH INSUFFICIENT DENSITY HAVE NOT BEEN MODELED, INCLUDING REGIONS A453-476 AND B454-476.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26573 2124 5 %RANDOM
Rwork0.20676 ---
obs0.20971 39990 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20 Å2-2.47 Å2
2---2.7 Å20 Å2
3---3.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7504 0 13 122 7639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.94610399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.794315864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0555975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70724.873355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.535151237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4831531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.27336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.24595
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2070.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.87234979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.40831994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51357773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2883029
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.11112626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.23860
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0760.22
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6982 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.430.5
medium thermal0.712
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 141 4.81 %
Rwork0.305 2793 -
obs--94.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3601-0.12110.92381.05410.43291.31670.07610.166-0.1596-0.31440.06890.0316-0.1977-0.0253-0.1450.1053-0.0167-0.03040.08820.0169-0.040348.18636.76961.218
21.1175-0.763-0.28741.09920.45030.257-0.0194-0.0267-0.0053-0.154-0.03610.2458-0.0413-0.03290.0554-0.1665-0.0006-0.0001-0.04440.0126-0.090241.01945.633103.284
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA2 - 51714 - 529
22BB2 - 51614 - 528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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