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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vfx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain Complexed With ADP-Mg-AlFx | ||||||
要素 | PROTEIN (Fusion protein consisting of Kinesin-like protein KIF1A, Kinesin heavy chain isoform 5C and A HIS TAG | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / kinesin (キネシン) / microtubule (微小管) / motor (機関 (機械)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 distal axon / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / protein transport along microtubule / neuronal dense core vesicle membrane / interkinetic nuclear migration / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / retrograde neuronal dense core vesicle transport / Kinesins ...distal axon / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / protein transport along microtubule / neuronal dense core vesicle membrane / interkinetic nuclear migration / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / retrograde neuronal dense core vesicle transport / Kinesins / regulation of dendritic spine development / anterograde axonal protein transport / intracellular mRNA localization / apolipoprotein receptor binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / motor neuron axon guidance / postsynaptic cytosol / 繊毛 / kinesin complex / synaptic vesicle transport / microtubule motor activity / microtubule-based movement / neuronal dense core vesicle / mRNA transport / axonal growth cone / axon cytoplasm / vesicle-mediated transport / dendrite cytoplasm / 軸索誘導 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / シナプス小胞 / presynapse / microtubule binding / postsynapse / 微小管 / neuron projection / 神経繊維 / 樹状突起 / neuronal cell body / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Nitta, R. / Kikkawa, M. / Okada, Y. / Hirokawa, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2004 タイトル: KIF1A Alternately Uses Two Loops to Bind Microtubules 著者: Nitta, R. / Kikkawa, M. / Okada, Y. / Hirokawa, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vfx.cif.gz | 81.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vfx.ent.gz | 60.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vfx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/1vfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/1vfx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41128.215 Da / 分子数: 1 断片: Motor Domain OF Kinesin-like protein KIF1A and RESIDUES 329-334 OF Kinesin heavy chain isoform 5C 由来タイプ: 組換発現 詳細: FUSION PROTEIN COMPRISES RESIDUES 1-355 OF Kinesin-like protein KIF1A, AND RESIDUES 329-334 OF Kinesin heavy chain isoform 5C, AND C-TERMINAL TAIL WITH SEQUENCE HHHHH 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33173, UniProt: P28738 |
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-非ポリマー , 5種, 88分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-AF3 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ADP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, Sodium acetate, Tris-HCl, Xylitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月28日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 12385 / Num. obs: 9351 / % possible obs: 75.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / % possible all: 69.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→22.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1166240.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.7999 Å2 / ksol: 0.337431 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→22.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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