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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vfb | ||||||
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タイトル | BOUND WATER MOLECULES AND CONFORMATIONAL STABILIZATION HELP MEDIATE AN ANTIGEN-ANTIBODY ASSOCIATION | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN/HYDROLASE(O-GLYCOSYL) / IMMUNOGLOBULIN-HYDROLASE(O-GLYCOSYL) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism ...immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / 獲得免疫系 / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 免疫応答 / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bhat, T.N. / Poljak, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Bound water molecules and conformational stabilization help mediate an antigen-antibody association. 著者: Bhat, T.N. / Bentley, G.A. / Boulot, G. / Greene, M.I. / Tello, D. / Dall'Acqua, W. / Souchon, H. / Schwarz, F.P. / Mariuzza, R.A. / Poljak, R.J. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: Small Rearrangements in Structures of Fv and Fab Fragments of an Antibody D1.3 On Antigen Binding 著者: Bhat, T.N. / Bentley, G.A. / Fischmann, T.O. / Boulot, G. / Poljak, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vfb.cif.gz | 89.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vfb.ent.gz | 73 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vfb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/1vfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/1vfb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 8 / 2: CIS PROLINE - PRO A 95 |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 11700.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: EGG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 545862, UniProt: P01635*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 12857.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: EGG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 896294, UniProt: P01820*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.85 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 29495 / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 53556 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.185 / Rfactor obs: 0.185 / 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 28534 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.7 |