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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vee | ||||||
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タイトル | NMR structure of the hypothetical rhodanese domain At4g01050 from Arabidopsis thaliana | ||||||
要素 | proline-rich protein family | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / rhodanese domain (ロダネーゼ) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid membrane protein complex / chloroplast thylakoid / chloroplast envelope / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / 葉緑体 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Pantoja-Uceda, D. / Lopez-Mendez, B. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Tanaka, A. / Seki, M. / Shinozaki, K. ...Pantoja-Uceda, D. / Lopez-Mendez, B. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Tanaka, A. / Seki, M. / Shinozaki, K. / Yokoyama, S. / Guntert, P. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Solution structure of the rhodanese homology domain At4g01050(175-295) from Arabidopsis thaliana 著者: Pantoja-Uceda, D. / Lopez-Mendez, B. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Tanaka, A. / Seki, M. / Shinozaki, K. / Yokoyama, S. / Guntert, P. #1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2004 タイトル: NMR Assignment of the Hypothetical Rhodanese Domain At4g01050 from Arabidopsis Thaliana 著者: Pantoja-Uceda, D. / Lopez-Mendez, B. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Inoue, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Hirota, H. / Yoshida, M. / Tanaka, A. ...著者: Pantoja-Uceda, D. / Lopez-Mendez, B. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Inoue, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Hirota, H. / Yoshida, M. / Tanaka, A. / Osanai, T. / Seki, M. / Shinozaki, K. / Yokoyama, S. / Guntert, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vee.cif.gz | 770.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vee.ent.gz | 646.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1vee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1vee | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14201.863 Da / 分子数: 1 / 断片: RHODANESE HYPOTHETICAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 解説: E.COLI CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 遺伝子: RIKEN CDNA RAFL06-68-J04 / プラスミド: P030120-27 / 参照: UniProt: Q9M158 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.1mM 13C, 15N-arabidopsis rhodanese hypothetical domain; 20mM Phosphate buffer; 100mM NA 1mM dithiothreitol; 0.02% NA3N; 90% H2O, 10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: NULL / pH: 7.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |