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- PDB-1v54: Bovine heart cytochrome c oxidase at the fully oxidized state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v54
タイトルBovine heart cytochrome c oxidase at the fully oxidized state
要素
  • (Cytochrome c oxidase polypeptide ...) x 12
  • Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1シトクロムcオキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ ...TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I ...Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Cupredoxin / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Few Secondary Structures / イレギュラー / Αソレノイド / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / コール酸 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / ステアリン / Cytochrome c oxidase subunit 1 ...CARDIOLIPIN / コール酸 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / ステアリン / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tsukihara, T. / Shimokata, K. / Katayama, Y. / Shimada, H. / Muramoto, K. / Aoyama, H. / Mochizuki, M. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Yao, M. ...Tsukihara, T. / Shimokata, K. / Katayama, Y. / Shimada, H. / Muramoto, K. / Aoyama, H. / Mochizuki, M. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Yao, M. / Ishimura, Y. / Yoshikawa, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2003
タイトル: The low-spin heme of cytochrome c oxidase as the driving element of the proton-pumping process.
著者: Tsukihara, T. / Shimokata, K. / Katayama, Y. / Shimada, H. / Muramoto, K. / Aoyama, H. / Mochizuki, M. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Yao, M. / Ishimura, Y. / Yoshikawa, S.
履歴
登録2003年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase polypeptide I
B: Cytochrome c oxidase polypeptide II
C: Cytochrome c oxidase polypeptide III
D: Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1
E: Cytochrome c oxidase polypeptide Va
F: Cytochrome c oxidase polypeptide Vb
G: Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart
H: Cytochrome c oxidase polypeptide VIb
I: Cytochrome c oxidase polypeptide VIc
J: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIa-heart
K: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb
L: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc
M: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart
N: Cytochrome c oxidase polypeptide I
O: Cytochrome c oxidase polypeptide II
P: Cytochrome c oxidase polypeptide III
Q: Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1
R: Cytochrome c oxidase polypeptide Va
S: Cytochrome c oxidase polypeptide Vb
T: Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart
U: Cytochrome c oxidase polypeptide VIb
V: Cytochrome c oxidase polypeptide VIc
W: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIa-heart
X: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb
Y: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc
Z: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,79178
ポリマ－410,21626
非ポリマー31,57552
水35,4901970
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area172140 Å2
ΔGint-1366 kcal/mol
Surface area109890 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)182.590, 205.140, 178.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Cytochrome c oxidase polypeptide ... , 12種, 24分子 ANBOCPERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P00396, シトクロムcオキシダーゼ
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P68530, シトクロムcオキシダーゼ
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P00415, シトクロムcオキシダーゼ
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P00426, シトクロムcオキシダーゼ
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide Vb / VI


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P00428, シトクロムcオキシダーゼ
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P07471, シトクロムcオキシダーゼ
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide VIb / AED


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P00429, シトクロムcオキシダーゼ
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / STA


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P04038, シトクロムcオキシダーゼ
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / COX VIIa-M / VIIIC


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P07470, シトクロムcオキシダーゼ
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P13183, シトクロムcオキシダーゼ
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc / VIIIA


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P00430, シトクロムcオキシダーゼ
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / VIIIb / IX


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P10175, シトクロムcオキシダーゼ

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 DQ

#27: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / シトクロムcオキシダーゼ / COX IV-1 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart心臓 / 参照: UniProt: P00423, シトクロムcオキシダーゼ

-
非ポリマー , 14種, 2020分子

#14: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#17: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A / Heme A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#18: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン / ステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#19: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL / Phosphatidylglycerol


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#21: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸 / コール酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#22: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#25: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE / ホスファチジルコリン


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#28: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.76 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Yoshikawa, S., (1998) Science, 280, 1723.

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 200 Å / Num. obs: 604170 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6 % / Num. measured all: 3614983 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.86 Å / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 59168 / Num. measured obs: 227862 / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 4

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→40 Å
詳細: The (FO-FC) difference Fourier map shows a residual density between heme a3 iron and CuB.
Rfactor反射数
Rfree0.227 -
Rwork0.202 -
obs-604170
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28506 0 2160 1970 32636
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.87
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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