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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1usk | ||||||
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タイトル | L-leucine-binding protein with leucine bound | ||||||
要素 | LEUCINE-SPECIFIC BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / LEUCINE-BINDING PROTEIN / PROTEIN STRUCTURE (タンパク質構造) / ABC TRANSPORT SYSTEMS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 branched-chain amino acid transport / L-leucine binding / phenylalanine transport / L-leucine transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Magnusson, U. / Salopek-Sondi, B. / Luck, L.A. / Mowbray, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: X-Ray Structures of the Leucine-Binding Protein Illustrate Conformational Changes and the Basis of Ligand Specificity 著者: Magnusson, U. / Salopek-Sondi, B. / Luck, L.A. / Mowbray, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1usk.cif.gz | 259.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1usk.ent.gz | 210.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1usk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1usk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1usk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37079.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PKSTY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04816 #2: 化合物 | ChemComp-LEU / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | A COMPONENT OF THE LEUCINE-SPECIFIC TRANSPORT SYSTEM, WHICH IS ONE OF TWO PERIPLASMIC BINDING ...A COMPONENT OF THE LEUCINE-SPECIFIC TRANSPORT SYSTEM, WHICH IS ONE OF TWO PERIPLASMI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.98 |
検出器 | 日付: 2003年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→38 Å / Num. obs: 72985 / % possible obs: 79.1 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 22.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 38 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.164 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 22.7 % / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1USI 解像度: 2→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 7.129 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→72.55 Å
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拘束条件 |
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