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万見
- PDB-1ufu: Crystal structure of ligand binding domain of immunoglobulin-like... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ufu
タイトルCrystal structure of ligand binding domain of immunoglobulin-like transcript 2 (ILT2; LIR-1)
要素Immunoglobulin-like transcript 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Immunoglobulin-like folds
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / MHC class Ib protein binding / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / MHC class Ib protein binding / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of mononuclear cell proliferation / MHC class Ib receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class I receptor activity / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of serotonin secretion / negative regulation of cytokine production involved in immune response / dendritic cell differentiation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of macrophage cytokine production / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell cycle / MHC class I protein binding / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / SH2 domain binding / response to virus / receptor internalization / cytokine-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / defense response to virus / cellular response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shiroishi, M. / Amano, K. / Rasubala, L. / Tsumoto, K. / Kumagai, I. / Kohda, D. / Maenaka, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Kinetic and thermodynamic properties of the interaction between Immunoglobulin like transcript (ILT) and MHC class I
著者: Shiroishi, M. / Amano, K. / Rasubala, L. / Tsumoto, K. / Kumagai, I. / Kohda, D. / Maenaka, K.
履歴
登録2003年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin-like transcript 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9991
ポリマ－21,9991
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.220, 104.400, 53.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin-like transcript 2 / ILT2


分子量: 21998.645 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain (domain1 and 2) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NHL6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6M Sodium Formate, 0.08M Na-acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 4406 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 411 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G0X

1g0x


解像度: 3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 339 -RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 3607 87.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1355 0 0 0 1355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.042
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 68 -
Rwork0.309 --
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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