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万見
- PDB-1ud9: Crystal Structure of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) Ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ud9
タイトルCrystal Structure of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) Homolog From Sulfolobus tokodaii
要素DNA polymerase sliding clamp A
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA-binding / DNA replication (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA複製 / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Box / 増殖細胞核抗原 / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Tanabe, E. / Yasutake, Y. / Tanaka, Y. / Yao, M. / Tsumoto, K. / Kumagai, I. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) Homolog From Sulfolobus tokodaii
著者: Tanabe, E. / Yasutake, Y. / Tanaka, Y. / Yao, M. / Tsumoto, K. / Kumagai, I. / Tanaka, I.
履歴
登録2003年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase sliding clamp A
B: DNA polymerase sliding clamp A
C: DNA polymerase sliding clamp A
D: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,52127
ポリマ－109,0174
非ポリマー1,50423
水8,269459
1
A: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7779
ポリマ－27,2541
非ポリマー5238
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
2
B: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5165
ポリマ－27,2541
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
3
C: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5816
ポリマ－27,2541
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
4
D: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6477
ポリマ－27,2541
非ポリマー3926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
A: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子

B: DNA polymerase sliding clamp A
C: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,87520
ポリマ－81,7633
非ポリマー1,11217
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-688 kcal/mol
Surface area46130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.400, 75.440, 88.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA polymerase sliding clamp A / Proliferation cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 27254.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q975N2
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CLEAR ELECTRON DENSITY SHOWS THE N-TERMINAL RESIDUE IS NOT MET BUT ALA. ACTUALLY THE ALANINE ...THE CLEAR ELECTRON DENSITY SHOWS THE N-TERMINAL RESIDUE IS NOT MET BUT ALA. ACTUALLY THE ALANINE WAS INSERTED BETWEEN THE FIRST MET AND SECOND HIS, BECAUSE THE PCNA-CODING INSERT DNA WAS DIGESTED WITH THE RESTRICTION ENZYME NCOI. IT SEEMS THAT THE FIRST MET WAS PROCESSED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 3.75%(w/v) PEG8000, 0.1M MES, 0.2M Zn(OAc)2, 0.1M Glycine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月17日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 114482 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.398 / Num. unique all: 9574 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.68→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 11301 9.7 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all-113938 --
obs-113938 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: THROUGHOUT / Bsol: 62.63 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.607 Å20 Å20.686 Å2
2---4.01 Å20 Å2
3---6.618 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7514 0 23 459 7996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.09
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.45
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.56
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.355
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.751
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.082
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3316 922 7.96 %
Rwork0.3002 8534 -
obs-9456 81.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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