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- PDB-1tqq: Structure of TolC in complex with hexamminecobalt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tqq
タイトルStructure of TolC in complex with hexamminecobalt
要素Outer membrane protein tolC
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Beta-barrel (Βバレル) / alpha-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type I secretion outer membrane protein, TolC / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / Outer membrane protein TolC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Higgins, M.K. / Eswaran, J. / Edwards, P.C. / Schertler, G.F. / Hughes, C. / Koronakis, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of the ligand-blocked periplasmic entrance of the bacterial multidrug effllux protein TolC
著者: Higgins, M.K. / Eswaran, J. / Edwards, P.C. / Schertler, G.F. / Hughes, C. / Koronakis, V.
履歴
登録2004年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein tolC
B: Outer membrane protein tolC
C: Outer membrane protein tolC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6904
ポリマ－154,5293
非ポリマー1611
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14900 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area58800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)265.276, 265.276, 96.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 428 / Label seq-ID: 1 - 428

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein tolC


分子量: 51509.582 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TOLC, MTCB, MUKA, REFI, B3035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02930
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.6% detergent mixture of n-dodecyl-beta-D glucopyranoside, n-hexyl-beta-D glucopyranoside, n-heptyl-beta-D glucopyranoside and n-octyl-beta-D glucopyranoside, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, 7% ...詳細: 0.6% detergent mixture of n-dodecyl-beta-D glucopyranoside, n-hexyl-beta-D glucopyranoside, n-heptyl-beta-D glucopyranoside and n-octyl-beta-D glucopyranoside, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, 7% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether, 10% polyethylene glycol 400, 10mM NaCl, 20mM MgCl2, 20mM Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月22日
放射モノクロメーター: Liquid gallium cooled, bent, triangular, si 111 optimised for: 1.2 (top crystal, 9.3 asymmetric cut) 1.488 (bottom crystal, 11.7 asymmetric cut)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 65599 / Num. obs: 62730 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 63790 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1EK9

1ek9


解像度: 2.75→30.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 10.299 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 2 / ESU R: 0.555 / ESU R Free: 0.359
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30473 3174 5.1 %RANDOM
Rwork0.26376 ---
all0.26579 65599 --
obs0.2657 59556 95.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.736 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→30.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9915 0 7 305 10227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02110047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8741.94913653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60951281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.21587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.24610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5370.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5330.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5981.56390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.339210245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44933657
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.054.53408
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1712tight positional0.070.05
2B1712tight positional0.070.05
3C1712tight positional0.070.05
1A1594loose positional0.385
2B1594loose positional0.375
3C1594loose positional0.395
1A1712tight thermal0.150.5
2B1712tight thermal0.150.5
3C1712tight thermal0.150.5
1A1594loose thermal2.610
2B1594loose thermal2.3110
3C1594loose thermal2.5610
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.361 255
Rwork0.347 4324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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