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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tli | ||||||
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タイトル | THERMOLYSIN (2% ISOPROPANOL SOAKED CRYSTALS) | ||||||
要素 | THERMOLYSINテルモリシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / METALLOPROTEINASE (金属プロテアーゼ) / ORGANIC SOLVENT (溶媒) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 同系置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | English, A.C. / Done, S.H. / Groom, C.R. / Hubbard, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1999 タイトル: Locating interaction sites on proteins: the crystal structure of thermolysin soaked in 2% to 100% isopropanol. 著者: English, A.C. / Done, S.H. / Caves, L.S. / Groom, C.R. / Hubbard, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tli.cif.gz | 78.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tli.ent.gz | 58.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tli.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/1tli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/1tli | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE ACTIVE SITE CLEFT OF THERMOLYSI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 20770 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 20.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.19 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 2.05→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.17 詳細: THIS ENTRY FORMS PART OF A SERIES OF STRUCTURES GENERATED FROM SOAKING CRYSTALS OF THERMOLYSIN IN ISOPROPANOL. AT THIS CONCENTRATION (2% ISOPROPANOL) THERE IS NO ELECTRON DENSITY ...詳細: THIS ENTRY FORMS PART OF A SERIES OF STRUCTURES GENERATED FROM SOAKING CRYSTALS OF THERMOLYSIN IN ISOPROPANOL. AT THIS CONCENTRATION (2% ISOPROPANOL) THERE IS NO ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO THE DIPEPTIDE OBSERVED IN THE ACTIVE SITE OF THE NATIVE ENZYME.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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