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万見
- PDB-1tig: TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 C-TERMINAL DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tig
タイトルTRANSLATION INITIATION FACTOR 3 C-TERMINAL DOMAIN
要素TRANSLATION INITIATION FACTOR 3Initiation factor
キーワードRIBOSOME BINDING FACTOR / IF3 C-TERMINAL DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain / Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain ...Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain / Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-3
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Biou, V. / Shu, F. / Ramakrishnan, V.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995
タイトル: X-ray crystallography shows that translational initiation factor IF3 consists of two compact alpha/beta domains linked by an alpha-helix.
著者: Biou, V. / Shu, F. / Ramakrishnan, V.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Prokaryotic Translation Initiation Factor If3 is an Elongated Protein Consisting of Two Crystallizable Domains
著者: Kycia, J.H. / Biou, V. / Shu, F. / Gerchman, S.E. / Graziano, V. / Ramakrishnan, V.
履歴
登録1995年8月16日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSLATION INITIATION FACTOR 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7531
ポリマ－10,7531
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.500, 30.200, 43.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 / Initiation factor / IF3-C


分子量: 10752.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
細胞株: B834 / 遺伝子: T7 / プラスミド: T7 VECTOR PET13A / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P03000
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細NOTE THAT SOME SOLVENT MOLECULES HAVE AN OCCUPANCY GREATER THAN 1.0. IF IT IS SIGNIFICANTLY GREATER ...NOTE THAT SOME SOLVENT MOLECULES HAVE AN OCCUPANCY GREATER THAN 1.0. IF IT IS SIGNIFICANTLY GREATER THAN 1.0 THEY COULD, IN FACT, BE OTHER IONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
解説: THREE EXPERIMENTS WERE CONDUCTED USING MAD DATA COLLECTED AT THREE WAVELENGTHS ON TWO SELENOMETHIONINE CRYSTALS, USING INVERSE BEAM GEOMETRY: WAVELENGTH DATA REDUNDANCY MERGING R VALUE 0.9802 ...解説: THREE EXPERIMENTS WERE CONDUCTED USING MAD DATA COLLECTED AT THREE WAVELENGTHS ON TWO SELENOMETHIONINE CRYSTALS, USING INVERSE BEAM GEOMETRY: WAVELENGTH DATA REDUNDANCY MERGING R VALUE 0.9802 3.8 (2.9) 4.2 (9.0) 0.9795 3.8 (3.) 4.4 (10.9) 0.930 3.9 (3.9) 4.8 (13.6)
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 2.4 M / 一般名: phosphate

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.00,0.9802,0.9795,0.930
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1994年3月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.98021
30.97951
40.931
反射Num. obs: 6402 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.042

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.274 -
Rwork0.207 -
obs0.207 6046
原子変位パラメータBiso mean: 20.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数882 0 0 120 1002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.612
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 23.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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