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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sse | ||||||
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タイトル | Solution structure of the oxidized form of the Yap1 redox domain | ||||||
要素 | (AP-1 like transcription factor YAP1) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION ACTIVATOR (アクチベーター) / disulfide bond (ジスルフィド) / nuclear export signal (核外搬出シグナル) / NES / redox-regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / response to singlet oxygen / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / response to metal ion / response to cadmium ion / response to heat / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding ...: / : / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / response to singlet oxygen / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / response to metal ion / response to cadmium ion / response to heat / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Wood, M.J. / Storz, G. / Tjandra, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2004 タイトル: Structural basis for redox regulation of Yap1 transcription factor localization. 著者: Wood, M.J. / Storz, G. / Tjandra, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sse.cif.gz | 708.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sse.ent.gz | 613.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1sse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1sse | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4128.429 Da / 分子数: 1 / 断片: n-CRD, residues 279-313 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YAP1, SNQ3, PAR1, PDR4, YML007W, YM9571.12 / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19880 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9456.393 Da / 分子数: 1 / 断片: c-CRD, residues 565-650 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YAP1, SNQ3, PAR1, PDR4, YML007W, YM9571.12 / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19880 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: Residual dipolar couplings (DN-H and DCaH) were measured in a solution composed of PF1 phage. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 20 mM NaCl / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Yap1-RD structures were calculated with 1103 NOE distance restraints, 54 hydrogen bond restraints, 92 dihedral angle restraints and 93 residual dipolar couplings. Residues 279-300 and 565-592 are disordered. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: Stuctures with the lowest energy and no NOE or dihedral violations > 0.5 A and 5 degrees, respectively. 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |