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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sq2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the Nurse Shark New Antigen Receptor (NAR) Variable Domain in Complex With Lysozyme | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / protein-protein complex / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ginglymostoma cirratum (コモリザメ) Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Stanfield, R.L. / Dooley, H. / Flajnik, M.F. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of a shark single-domain antibody V region in complex with lysozyme. 著者: Stanfield, R.L. / Dooley, H. / Flajnik, M.F. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sq2.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sq2.ent.gz | 46.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sq2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sq2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hen egg white / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 12055.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ) プラスミド: pIMS100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q8AXI4 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG 10,000, 0.1M imidazole HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→35 Å / Num. all: 40482 / Num. obs: 40482 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 37.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.394 / % possible all: 52.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1LKS AND 1QLE (residues 1-85) 解像度: 1.45→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.701 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.334 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20 /
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