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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s31 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the human Tub protein (isoform a) spanning residues 289 through 561 | ||||||
要素 | tubby isoform a | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / BETA BARREL (Βバレル) / HYDROPHOBIC HELIX / HYDROPHOBIC CORE (疎水効果) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intraciliary transport particle A binding / protein localization to photoreceptor outer segment / receptor localization to non-motile cilium / intraciliary transport / phagocytosis, recognition / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / protein localization to cilium / photoreceptor cell maintenance / positive regulation of phagocytosis / response to hormone ...intraciliary transport particle A binding / protein localization to photoreceptor outer segment / receptor localization to non-motile cilium / intraciliary transport / phagocytosis, recognition / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / protein localization to cilium / photoreceptor cell maintenance / positive regulation of phagocytosis / response to hormone / G protein-coupled receptor binding / sensory perception of sound / 繊毛 / retina development in camera-type eye / protein-containing complex binding / extracellular region / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.704 Å | ||||||
データ登録者 | Boutboul, S. / Carroll, K.J. / Basdevant, A. / Gomez, C. / Nandrot, E. / Clement, K. / Shapiro, L. / Abitbol, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A novel human obesity and sensory deficit syndrome resulting from a mutation in the TUB gene 著者: Boutboul, S. / Carroll, K.J. / Basdevant, A. / Gomez, C. / Nandrot, E. / Clement, K. / Shapiro, L. / Abitbol, M. #1: ジャーナル: METHODS ENZYMOL. / 年: 1997 タイトル: Processing of X-ray Diffraction Data Collected in Oscillation Mode 著者: Otwinowski, Z. / Minor, W. #2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.A / 年: 1994 タイトル: AMoRe: an Automated Package for Molecular Replacement 著者: Navaza, J. #3: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1997 タイトル: Refinement of Macromolecular Structures by the Maximum-Likelihood Method 著者: Murshudov, G.N. / Vagin, A.A. / Dodson, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s31.cif.gz | 71.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s31.ent.gz | 51.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s31.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s31 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1c8zS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30798.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: tub / プラスミド: pSMT3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P50607 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PGE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.05 % |
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結晶化 | 温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 400, 5mM Magnesium Chloride, 100mM Sodium Acetate, 15mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.2K, pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9814 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月23日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9814 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 15560 / Num. obs: 15503 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 30.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. unique all: 1511 / % possible all: 99.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 31.7 / Cor.coef. Fo:Fc: 72.5
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1C8Z 解像度: 2.704→18.474 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 14.137 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.312 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.802 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.704→18.474 Å
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拘束条件 |
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