[日本語] English
万見
- PDB-1rlh: Structure of a conserved protein from Thermoplasma acidophilum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rlh
タイトルStructure of a conserved protein from Thermoplasma acidophilum
要素conserved hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / T. acidophilum / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Ta1353-like / Ta1353-like / Adenosine specific kinase / Ta1353-like superfamily / Adenosine specific kinase / hypothetical protein tt1634 / Complement Module; domain 1 / リボン / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a conserved protein from T. acidophilum
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2003年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1402
ポリマ－19,1171
非ポリマー231
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4196
ポリマ－57,3503
非ポリマー693
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.329, 74.329, 50.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-522-

NA

21A-567-

HOH

詳細The biologically assembly unknown, but monomer forms a very tight trimer in two crystal forms

-
要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein


分子量: 19116.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: CAC12474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HII6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium acetate, NaCl, PEG 3350, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11501
21501
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.0332
シンクロトロンAPS 19-ID20.97964,0.97951,0.96411
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2002年7月15日
CUSTOM-MADE2CCD2002年11月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1sagitally focused Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2sagitally focused Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.979641
30.979511
40.964111
反射解像度: 1.75→39.9 Å / Num. all: 14981 / Num. obs: 14981 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Limit h max: 35 / Limit h min: 0 / Limit k max: 35 / Limit k min: 0 / Limit l max: 28 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1102536.72 / Observed criterion F min: 6.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.8→39.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 715 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.1987 14946 --
obs0.196 14321 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 69.2453 Å2 / ksol: 0.373886 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 70.44 Å2 / Biso mean: 30.27 Å2 / Biso min: 11.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å2-0.16 Å20 Å2
2---1.17 Å20 Å2
3---2.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.19 Å
Luzzati d res high-1.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1159 0 1 238 1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.66
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.880.3615640.29513370.0481864139374.7
1.88-1.980.241995.80.23415950.0241827169492.7
1.98-2.110.192995.30.18317630.0191869186299.6
2.11-2.270.239965.20.18617670.0241869186399.7
2.27-2.50.239774.10.18517890.0271867186699.9
2.5-2.860.2291035.50.16617730.02318761876100
2.86-3.60.169985.20.15717720.01718701870100
3.6-39.90.192874.60.17218100.0211921189798.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る