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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rjc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the camelid single domain antibody cAb-Lys2 in complex with hen egg white lysozyme | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/HYDROLASE (免疫系) / beta sandwich / immunoglobulin fold / protein-protein hetero complex / alpha-beta orthogonal bundle / IMMUNE SYSTEM-HYDROLASE COMPLEX (免疫系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | De Genst, E. / Silence, K. / Ghahroudi, M.A. / Decanniere, K. / Loris, R. / Kinne, J. / Wyns, L. / Muyldermans, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Strong in vivo maturation compensates for structurally restricted H3 loops in antibody repertoires. 著者: De Genst, E. / Silence, K. / Ghahroudi, M.A. / Decanniere, K. / Loris, R. / Kinne, J. / Wyns, L. / Muyldermans, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | The sequence of CAMELID heavy chain ANTIBODY (chain A) is not available in any reference sequence database. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rjc.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rjc.ent.gz | 47.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rjc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rjc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 14902.298 Da / 分子数: 1 / 断片: VHH DOMAIN, VARIABLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 組織: Blood Lymphocytes / プラスミド: pHEN06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6Su |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white卵白 / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 8000, glycerol, ammonium sulphate, potassium phosphate, sodium chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8453 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月28日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8453 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→49.4 Å / Num. all: 49374 / Num. obs: 48909 / % possible obs: 99.06 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4610 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→26.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1381007.94 / Data cutoff high rms absF: 1381007.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6135 Å2 / ksol: 0.379361 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→26.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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