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- PDB-1rho: STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rho
タイトルSTRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR
要素RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
キーワードINHIBITOR (酵素阻害剤) / GTPASE ACTIVATION / PHOSPHORYLATION (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


Rho GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of synaptic vesicle cycle / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of Rho protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction ...Rho GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of synaptic vesicle cycle / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of Rho protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / 免疫シナプス / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / regulation of protein localization / 細胞骨格 / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1 / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho GDP-dissociation inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / MIR WITH ANOMALOUS / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Keep, N.H. / Moody, P.C.E. / Roberts, G.C.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: A modulator of rho family G proteins, rhoGDI, binds these G proteins via an immunoglobulin-like domain and a flexible N-terminal arm.
著者: Keep, N.H. / Barnes, M. / Barsukov, I. / Badii, R. / Lian, L.Y. / Segal, A.W. / Moody, P.C. / Roberts, G.C.
履歴
登録1996年10月12日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status ...diffrn_source / pdbx_database_status / software / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,72012
ポリマ－49,8553
非ポリマー8659
水3,441191
1
A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9074
ポリマ－16,6181
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9074
ポリマ－16,6181
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9074
ポリマ－16,6181
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8138
ポリマ－33,2372
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
5
B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子

B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8138
ポリマ－33,2372
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area2080 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
6
A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子

A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子

A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,44024
ポリマ－99,7116
非ポリマー1,72918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10710 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area41780 Å2
手法PISA
7
B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,44024
ポリマ－99,7116
非ポリマー1,72918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_565x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area10840 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area41880 Å2
手法PISA
8
B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子

B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8138
ポリマ－33,2372
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
Buried area2470 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
9
A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子

C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8138
ポリマ－33,2372
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.570, 156.570, 132.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1 / RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR / RHOGDI


分子量: 16618.432 Da / 分子数: 3 / 変異: TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN RHOGDI CDNA LOCUS HUMRH / プラスミド: PGEX2T
遺伝子 (発現宿主): HUMAN RHOGDI CDNA, LOCUS HUMRHOGDP M97579
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52565
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 Mammonium sulfate1drop
20.1 MTris1drop
31 mMDTT1drop
41 mMsodium azide1drop
510 mg/mlprotain1drop
65 mMTris1drop
71 mMDTT1drop
81 mMsodium azide1drop
92 Mammonium sulfate1reservoir
100.1 MTris1reservoir
111 mMDTT1reservoir
121 mMsodium azide1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.977
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月28日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 20345 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 95.3
反射
*PLUS
冗長度: 7.9 % / Num. measured all: 161161
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843精密化
X-PLOR3.843モデル構築
SHELX精密化
SHELXモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
X-PLOR3.843位相決定
精密化構造決定の手法: MIR WITH ANOMALOUS / 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: SELENOMETHIONINE DATA WAS STRONGER AND THEREFORE USED FOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1000 5.1 %SHELLS
Rwork0.225 ---
obs0.225 19482 92.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.29 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 0 45 191 3663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.941.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.462
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.042
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.992.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 169 5.2 %
Rwork0.312 3099 -
obs--94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2EXTRAPARA.PROEXTRATOP.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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