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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r3i | ||||||
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タイトル | potassium channel KcsA-Fab complex in Rb+ | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / potassium channel (カリウムチャネル) / KcsA-Fab complex / rubidium (ルビジウム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / monoatomic ion transmembrane transport / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces lividans (スナパリシン) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Y. / MacKinnon, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: The occupancy of ions in the K+ selectivity filter: Charge balance and coupling of ion binding to a protein conformational change underlie high conduction rates 著者: Zhou, Y. / MacKinnon, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r3i.cif.gz | 123.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r3i.ent.gz | 91.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | homo-tetramer of KcsA is generated by four fold axis: x,y,z -x,-y,z -x,y,z x,-y,z |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 13211.582 Da / 分子数: 1 / Mutation: P2A,L90C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces lividans (スナパリシン) 遺伝子: KCSA, SKC1, SCO7660, SC10F4.33 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue / 参照: UniProt: P0A334 |
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-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868*PLUS |
-非ポリマー , 4種, 178分子
#4: 化合物 | ChemComp-F09 / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-RB / #6: 化合物 | ChemComp-DGA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.91 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: PEG400, sodium acetate, magnesium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 33943 / Num. obs: 33943 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 42.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3185 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1K4C 解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The occupancy of ions in this model were set to 1. Please refer to the primary citation for a detailed analysis of ion occupancy.
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.43→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.006
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.218 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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