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- PDB-1qol: STRUCTURE OF THE FMDV LEADER PROTEASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qol
タイトルSTRUCTURE OF THE FMDV LEADER PROTEASE
要素PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SULFHYDRYL PROTEINASE (チオール) / PICORNAVIRAL PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ペプチダーゼ / suppression by virus of host type I interferon production / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / regulation of translation ...L-ペプチダーゼ / suppression by virus of host type I interferon production / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / regulation of translation / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / molecular adaptor activity / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A ...Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guarne, A. / Tormo, J. / Kirchweger, R. / Pfistermueller, D. / Skern, T. / Fita, I.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Structure of the Foot-and-Mouth Disease Virus Leader Protease: A Papain-Like Fold Adapted for Self-Processing and Eif4G Recognition.
著者: Guarne, A. / Tormo, J. / Kirchweger, R. / Pfistermueller, D. / Fita, I. / Skern, T.
#1: ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 1998
タイトル: A Structural Model of Picornaviral Leader Proteinases Based on Papain and Bleomycin Hydrolase
著者: Skern, T. / Fita, I. / Guarne, A.
履歴
登録1999年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
B: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
C: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
D: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
E: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
F: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
G: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
H: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,52614
ポリマ－158,2348
非ポリマー2936
水0
1
A: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
C: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6213
ポリマ－39,5582
非ポリマー621
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-22.9 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PQS
2
B: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
D: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6915
ポリマ－39,5582
非ポリマー1333
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-23.1 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PQS
3
F: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
G: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6213
ポリマ－39,5582
非ポリマー621
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PQS
4
E: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
H: PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5943
ポリマ－39,5582
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-12.3 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.430, 101.560, 276.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細BIOCHEMICAL DATA INDICATES THAT LEADER PROTEASEIS ACTIVE AS A MONOMER. IN THE CRYSTAL ITASSOCIATES TO FORM A DIMER.

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要素

#1: タンパク質
PROTEASE (NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A) / LEADER PROTEASE


分子量: 19779.221 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (口蹄疫ウイルス)
株: O1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03305
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
配列の詳細THE SWISSPROT ENTRY POLG_FMDVO REFERS TO A GENOME POLYPROTEIN, AND THE PROTEASE (EC 3.4.22.-) ...THE SWISSPROT ENTRY POLG_FMDVO REFERS TO A GENOME POLYPROTEIN, AND THE PROTEASE (EC 3.4.22.-) LISTED IS FOR THE RESIDUES 1650 TO 1862. THE PROTEASE STUDIED HERE WAS FOUND IN THE RESIDUES 29 TO 195 THAT ARE LISTED IN SWISSPROT AS A NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 10% PEG 6000, 0.8 M MG CHLORIDE, 0.1 M TRIS/HCL PH=8.5, pH 8.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %PEG60001reservoir
20.8 M1reservoirMgCl2
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8469
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8469 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→34.7 Å / Num. obs: 35080 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 63.7 Å2 / Rsym value: 0.01 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 74.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.263

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2758596.51 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: NATIVE PATTERSON MAP PRESENT A PSEUDO-ORIGEN PEAK AT POSITION (0.5,0.5,0.225). THIS PEAK CORRESPONDS A PURE TRANSLATION THAT RELATES FOUR MOLECULES OF THE A.S.U. WITH THE OTHER FOUR
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 2232 6.4 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.258 34977 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 17 Å2 / ksol: 0.308148 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.79 Å20 Å20 Å2
2--20.93 Å20 Å2
3----4.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10956 0 15 0 10971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.862.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 463 8.4 %
Rwork0.345 5031 -
obs--88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ETH.PARETH.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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