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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qlb | |||||||||
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タイトル | respiratory complex II-like fumarate reductase from Wolinella succinogenes | |||||||||
要素 | (FUMARATE REDUCTASE ...フマル酸レダクターゼ) x 3 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CITRIC ACID CYCLE (クエン酸回路) / RESPIRATORY CHAIN IRON-SULPHUR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / コハク酸デヒドロゲナーゼ / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 電子伝達系 / respirasome / クエン酸回路 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...: / コハク酸デヒドロゲナーゼ / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 電子伝達系 / respirasome / クエン酸回路 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | WOLINELLA SUCCINOGENES (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Lancaster, C.R.D. / Kroeger, A. / Auer, M. / Michel, H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structure of Fumarate Reductase from Wolinella Succinogenes at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Lancaster, C.R.D. / Kroeger, A. / Auer, M. / Michel, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qlb.cif.gz | 484.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qlb.ent.gz | 385.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qlb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/1qlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/1qlb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qla S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.97509, -0.00632, 0.22173), ベクター: |
-要素
-FUMARATE REDUCTASE ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 72941.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: 8-ALPHA-[-N-EPSILON-HISTIDYL] COVALENT BOND BETWEEN FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD) AND HIS 43 由来: (天然) WOLINELLA SUCCINOGENES (バクテリア) 参照: UniProt: P17412, コハク酸デヒドロゲナーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 27197.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) WOLINELLA SUCCINOGENES (バクテリア) 参照: UniProt: P17596, コハク酸デヒドロゲナーゼ #3: タンパク質 | 分子量: 29759.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: HAEM AXIAL LIGANDS - HIS 44, HIS 93, HIS 143, HIS 182 由来: (天然) WOLINELLA SUCCINOGENES (バクテリア) / 参照: UniProt: P17413 |
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-糖 , 1種, 2分子
#11: 糖 |
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-非ポリマー , 8種, 520分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-HEM / #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | FOR RESIDUES 281- 289 (CHAINS A AND D) THERE IS AN ERROR IN THE SEQUENCE REPORTED IN THE SWS ...FOR RESIDUES 281- 289 (CHAINS A AND D) THERE IS AN ERROR IN THE SEQUENCE REPORTED IN THE SWS DATABASE ENTRY P17412, REFERENCE, LAUTERBACH |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.4 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 275 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.996 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月26日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.996 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→38.87 Å / Num. obs: 152939 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.388 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QLA 1qla 解像度: 2.33→38.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.0045 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES (MLF) 詳細: N(OBS)/N(PAR) = 2.01
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溶媒の処理 | Bsol: 61.5 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→38.87 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev position: 0.009 Å / Weight position: 300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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