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Yorodumi- PDB-5k8f: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with ATP an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5k8f | |||||||||
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Title | Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with ATP and Acetyl-AMP from Cryptococcus neoformans H99 | |||||||||
Components | Acetyl-coenzyme A synthetase | |||||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / NIH / NIAID / Synthetase / ACS1 / Acetyl-AMP / ATP / Adenosine TriPhosphate / Acetyl Adenylate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | |||||||||
Function / homology | Function and homology information acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Delker, S.L. / Potts, K.T. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Mutz, M.W. | |||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with ATP and Acetyl-AMP from Cryptococcus neoformans H99 Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Delker, S.L. / Potts, K.T. / Numa, M.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. / Krysan, D.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5k8f.cif.gz | 777.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5k8f.ent.gz | 638.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5k8f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5k8f_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5k8f_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | 5k8f_validation.xml.gz | 70.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5k8f_validation.cif.gz | 96.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ifiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 77475.750 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_00797 / Plasmid: PEMB7013 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase |
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-Non-polymers , 6 types, 391 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-PO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ATP ...Details: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ATP AND 1MM MGCL2 WERE ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION AND INCUBATED FOR 5 MINUTES BEFORE SETTING UP TRIALS. CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND IN WIZARD 1 AND 2 SCREEN CONDITION E8 (10% W/V PEG8,000, 0.1M NA/K PHOSPHATE PH6.2) AND CRYO-PROTECTED IN 20% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTAL ID 271854A7 GJX4-8 APS21-ID-G), PH 6.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K PH range: 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 22, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 77299 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 37.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 14.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IFI Resolution: 2.45→26.62 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 24.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.47 Å2 / Biso mean: 52.7124 Å2 / Biso min: 20.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→26.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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