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- PDB-1q3r: Crystal structure of the chaperonin from Thermococcus strain KS-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q3r
タイトルCrystal structure of the chaperonin from Thermococcus strain KS-1 (nucleotide-free form of single mutant)
要素Thermosome alpha subunit
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / chaperonin / thermosome
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Thermosome, archaeal / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site ...GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Thermosome, archaeal / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thermosome subunit alpha / Thermosome subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sp. (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shomura, Y. / Yoshida, T. / Iizuka, R. / Maruyama, T. / Yohda, M. / Miki, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of the Group II Chaperonin from Thermococcus strain KS-1: Steric Hindrance by the Substituted Amino Acid, and Inter-subunit Rearrangement between Two Crystal Forms.
著者: Shomura, Y. / Yoshida, T. / Iizuka, R. / Maruyama, T. / Yohda, M. / Miki, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray characterization of archaeal group II chaperonin alpha-subunit from Thermococcus strain KS-1
著者: Shomura, Y. / Yoshida, T. / Maruyama, T. / Yohda, M. / Miki, K.
履歴
登録2003年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,3388
ポリマ－236,9544
非ポリマー3844
水0
1
A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)949,35232
ポリマ－947,81516
非ポリマー1,53716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
2
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,67616
ポリマ－473,9088
非ポリマー7698
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area49310 Å2
ΔGint-374 kcal/mol
Surface area144340 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,67616
ポリマ－473,9088
非ポリマー7698
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area50340 Å2
ΔGint-372 kcal/mol
Surface area142490 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)210.058, 210.058, 157.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細The biological assembly is a hexadecamer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operations: (-x+1, -y, z), (y+1/2, -x+1/2, z), and (-y+1/2, x-1/2, z).

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要素

#1: タンパク質
Thermosome alpha subunit / Thermosome subunit 1 / Chaperonin alpha subunit


分子量: 59238.445 Da / 分子数: 4 / 変異: I125T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sp. (古細菌) / 株: KS-1 / 遺伝子: THSA OR CPKA / Plasmid details: pK1E-alpha1-2 / プラスミド: pET9a derivative / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O24729, UniProt: P61112*PLUS, EC: 3.6.4.9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, potassium chloride, Tris , pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115-20 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris1reservoirpH8.0
32.1 Mammonium sulfate1reservoir
450 mM1reservoirKCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: fix-exit double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 76135 / Num. obs: 76135 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 59.4 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル最高解像度: 2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.178 / % possible all: 92
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 74163 / Num. measured all: 425665 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.178

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q2V

1q2v


解像度: 2.9→93.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 4573193.32 / Data cutoff high rms absF: 4573193.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 3835 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 76135 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.0717 Å2 / ksol: 0.374038 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---1.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→93.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15780 0 20 0 15800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 621 5 %
Rwork0.283 11864 -
obs--97.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 93.9 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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