PDB-1pz3: Crystal structure of a family 51 (GH51) alpha-L-arabinofuranosida...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pz3

タイトル

Crystal structure of a family 51 (GH51) alpha-L-arabinofuranosidase from Geobacillus stearothermophilus T6

要素

Alpha-L-arabinofuranosidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-alpha8-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase /

alpha-L-arabinofuranosidase activity /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hoevel, K. / Shallom, D. / Niefind, K. / Belakhov, V. / Shoham, G. / Baasov, T. / Shoham, Y. / Schomburg, D.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and snapshots along the reaction pathway of a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase
著者: Hoevel, K. / Shallom, D. / Niefind, K. / Belakhov, V. / Shoham, G. / Baasov, T. / Shoham, Y. / Schomburg, D.

履歴

登録	2003年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pz3.cif.gz	230.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pz3.ent.gz	184.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pz2C 1qw8C 1qw9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qw8-1 1qw9-1 5o81-d 2c8n-d 1pz2-1 5o82-d 5o80-d 5o7z-d 2c7f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-L-arabinofuranosidase

B: Alpha-L-arabinofuranosidase

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-L-arabinofuranosidase

B: Alpha-L-arabinofuranosidase

ヘテロ分子

A: Alpha-L-arabinofuranosidase

B: Alpha-L-arabinofuranosidase

ヘテロ分子

A: Alpha-L-arabinofuranosidase

B: Alpha-L-arabinofuranosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
344 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.430, 179.430, 100.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Alpha-L-arabinofuranosidase / / Arabinosidase 分子量: 57284.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 株: T-6 / 遺伝子: ABFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9XBQ3, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.6 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18 % PEG 3350, 0.2 M NH4F, 100 mM Tris/HCl, 5% 2-Propanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	23 %(w/v)	PEG3350	1	reservoir
2	0.2 M		1	reservoir	NH4F
3	5 %(v/v)	2-propanol	1	reservoir
4	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月9日 / 詳細: osmic mirror
放射	モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 120071 / Num. obs: 119711 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / % possible all: 99.7
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.047
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.7 % / R_merge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs*: 2.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MAR345	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
REFMAC	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.204	5985	RANDOM
R_work	0.171	-	-
all	-	120071	-
obs	-	119711	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7980	0	12	1144	9136

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	angle_d
X-RAY DIFFRACTION	angle_deg	1490

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)